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daniell251木蟲 (著名寫手)
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[求助]
如何做Kohn-Sham orbital energy diagram
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請(qǐng)問各位如何能做出如下的圖 用Gaussian得到MO的數(shù)據(jù)后需要自己分析嗎 還是有專門的軟件來(lái)完成這個(gè)任務(wù)？另外圖中 24%Au 之類的代表什么呢 從哪里得來(lái)的 圖出自Angew. Chem. Int. Ed 2012, 51, 5924 謝謝大家了 |
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sobereva
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
daniell251: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, Thx. so can you explain more details about threshold 閾值? Thank you again. 2012-08-26 09:54:15
gmy1990: 金幣+3 2012-08-26 15:49:23
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24%表明整體分子的LUMO軌道有24%是由Me3PAu片段的分子軌道構(gòu)成的。 可以用收費(fèi)的AOMix結(jié)合Origin做這種圖。 不過，使用其它免費(fèi)的電荷轉(zhuǎn)移分解(CDA)程序，稍加修改，應(yīng)該也能得到整體分子軌道中片段分子軌道的成份。這樣，根據(jù)能量高低，把整體分子軌道畫在中間位置（畫條短橫線），把Me3PAu片段的分子軌道畫在左邊，吲哚的畫在右邊。若整體分子軌道中片段分子軌道的成份大于一定閾值，就把相應(yīng)的橫線連上。之后再自行標(biāo)上文字之類，就得到這樣的圖了 |
2樓2012-08-26 05:53:57
sobereva
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zhou2009: 金幣+10 2012-08-26 14:42:29
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整體分子軌道對(duì)應(yīng)的圖中的橫杠，只與對(duì)它貢獻(xiàn)較大（高于閾值）的片段分子軌道對(duì)應(yīng)的橫杠畫上連線（有時(shí)在連線上直接標(biāo)出貢獻(xiàn)值）。以便于從圖上直接看出整體分子軌道是主要由哪些片段分子軌道所貢獻(xiàn)的。 由于對(duì)整體分子軌道貢獻(xiàn)較高的片段分子軌道的數(shù)目較少，因此如果閾值設(shè)得高，連線數(shù)目就會(huì)較少。如果閾值低，連線數(shù)目自然就會(huì)多。如果閾值設(shè)成0，那么無(wú)論片段分子軌道對(duì)整體分子軌道有多少貢獻(xiàn)，都會(huì)被連上，這樣的話圖上就會(huì)有一大堆連線，非�；靵y，根本都看不清主次了。 至于你問Multiwfn能不能做，目前2.5版還不支持，預(yù)計(jì)會(huì)在2.7版支持CDA功能并能直接做這種圖。 |
3樓2012-08-26 14:34:47
daniell251
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4樓2012-08-27 21:26:31
sobereva
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5樓2012-08-27 22:33:32
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6樓2012-08-28 10:52:15
sobereva
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7樓2012-08-28 14:46:46
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我從論壇里下了一個(gè)AOMix 自己算了一下手冊(cè)上的例子 BH3CO 在AOMix-FO運(yùn)行后的輸出文件AOMix-MO-FO-alpha.txt中有一些百分?jǐn)?shù)類似于 LUMO+0[#12, 3.161 eV]= Fr 1: 7.2%L+1 3.0%H-0 1.8%L+2 Fr 2: 48.6%L+0 S(-0.319 0.242 0.085 ) OP(0.08 -0.10 -0.01 ) 38.0%L+1 S(0.085 -0.061 0.319 ) OP(0.02 -0.02 0.03 ) 這是不是指 在BH3CO的LUMO上 片段1貢獻(xiàn)了7.2+3.0+1.8=12% 然后片段2貢獻(xiàn)了48.6+38=86.6% 是這么理解吧？謝謝啦 |
8樓2012-08-28 21:36:57
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9樓2012-08-29 03:58:39
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