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daniell251木蟲 (著名寫手)
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[求助]
如何做Kohn-Sham orbital energy diagram
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請問各位如何能做出如下的圖 用Gaussian得到MO的數(shù)據(jù)后需要自己分析嗎 還是有專門的軟件來完成這個任務(wù)？另外圖中 24%Au 之類的代表什么呢 從哪里得來的 圖出自Angew. Chem. Int. Ed 2012, 51, 5924 謝謝大家了 |
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sobereva
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9樓2012-08-29 03:58:39
sobereva
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
daniell251: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, Thx. so can you explain more details about threshold 閾值? Thank you again. 2012-08-26 09:54:15
gmy1990: 金幣+3 2012-08-26 15:49:23
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gmy1990: 金幣+3 2012-08-26 15:49:23
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24%表明整體分子的LUMO軌道有24%是由Me3PAu片段的分子軌道構(gòu)成的。 可以用收費的AOMix結(jié)合Origin做這種圖。 不過，使用其它免費的電荷轉(zhuǎn)移分解(CDA)程序，稍加修改，應(yīng)該也能得到整體分子軌道中片段分子軌道的成份。這樣，根據(jù)能量高低，把整體分子軌道畫在中間位置（畫條短橫線），把Me3PAu片段的分子軌道畫在左邊，吲哚的畫在右邊。若整體分子軌道中片段分子軌道的成份大于一定閾值，就把相應(yīng)的橫線連上。之后再自行標(biāo)上文字之類，就得到這樣的圖了 |
2樓2012-08-26 05:53:57
sobereva
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zhou2009: 金幣+10 2012-08-26 14:42:29
zhou2009: 金幣+10 2012-08-26 14:42:29
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整體分子軌道對應(yīng)的圖中的橫杠，只與對它貢獻(xiàn)較大（高于閾值）的片段分子軌道對應(yīng)的橫杠畫上連線（有時在連線上直接標(biāo)出貢獻(xiàn)值）。以便于從圖上直接看出整體分子軌道是主要由哪些片段分子軌道所貢獻(xiàn)的。 由于對整體分子軌道貢獻(xiàn)較高的片段分子軌道的數(shù)目較少，因此如果閾值設(shè)得高，連線數(shù)目就會較少。如果閾值低，連線數(shù)目自然就會多。如果閾值設(shè)成0，那么無論片段分子軌道對整體分子軌道有多少貢獻(xiàn)，都會被連上，這樣的話圖上就會有一大堆連線，非�；靵y，根本都看不清主次了。 至于你問Multiwfn能不能做，目前2.5版還不支持，預(yù)計會在2.7版支持CDA功能并能直接做這種圖。 |
3樓2012-08-26 14:34:47
daniell251
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4樓2012-08-27 21:26:31
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