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惡魔眼球木蟲 (小有名氣)
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[求助]
核苷酸同源性高，但氨基酸沒有同源性，有可能嗎
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如題。測序回來的序列經(jīng)過校對后，與其他物種進行比對，得到高同源性。。但是將其轉(zhuǎn)化為氨基酸序列后，再進行比對。。卻發(fā)現(xiàn)沒有物種與之有同源性。。 理論上不是應(yīng)該氨基酸獲得的同源性更高嗎？會不會是轉(zhuǎn)化上出問題呢？轉(zhuǎn)化需要注意些什么嗎？ 各位大俠，指點指點吧~在此先拜謝了~ |
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chenguestc
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6樓2012-08-31 09:04:37
| 最常見的原因是核酸序列中多個地方含有插入或缺失,導(dǎo)致6框翻譯雖然一段段氨基酸相似,但因為不同時正確出現(xiàn),而顯示氨基酸序列相似性不高.處理的方法是先找正確的核酸序列(ORF比較長，完整的），作為對照序列與目標序列比對，把目標序列有插入或缺失的序列先修改（刪除/添加的堿基可以參考對照序列），最容易出現(xiàn)測序錯誤的地方是連續(xù)相同的堿基的部分，如果有測序彩圖，可以拿來重點分析出現(xiàn)連續(xù)堿基的地方，以得到更貼近實際的序列。修改過后的序列就都能得到相似性比較高的氨基酸序列，可以做進一步分析。 |
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惡魔眼球7樓2012-08-31 11:14:47
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9樓2012-09-02 04:21:28
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