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惡魔眼球木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
核苷酸同源性高，但氨基酸沒(méi)有同源性，有可能嗎
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如題。測(cè)序回來(lái)的序列經(jīng)過(guò)校對(duì)后，與其他物種進(jìn)行比對(duì)，得到高同源性。。但是將其轉(zhuǎn)化為氨基酸序列后，再進(jìn)行比對(duì)。。卻發(fā)現(xiàn)沒(méi)有物種與之有同源性。。 理論上不是應(yīng)該氨基酸獲得的同源性更高嗎？會(huì)不會(huì)是轉(zhuǎn)化上出問(wèn)題呢？轉(zhuǎn)化需要注意些什么嗎？ 各位大俠，指點(diǎn)指點(diǎn)吧~在此先拜謝了~ |
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| 最常見(jiàn)的原因是核酸序列中多個(gè)地方含有插入或缺失,導(dǎo)致6框翻譯雖然一段段氨基酸相似,但因?yàn)椴煌瑫r(shí)正確出現(xiàn),而顯示氨基酸序列相似性不高.處理的方法是先找正確的核酸序列(ORF比較長(zhǎng)，完整的），作為對(duì)照序列與目標(biāo)序列比對(duì)，把目標(biāo)序列有插入或缺失的序列先修改（刪除/添加的堿基可以參考對(duì)照序列），最容易出現(xiàn)測(cè)序錯(cuò)誤的地方是連續(xù)相同的堿基的部分，如果有測(cè)序彩圖，可以拿來(lái)重點(diǎn)分析出現(xiàn)連續(xù)堿基的地方，以得到更貼近實(shí)際的序列。修改過(guò)后的序列就都能得到相似性比較高的氨基酸序列，可以做進(jìn)一步分析。 |
惡魔眼球
7樓2012-08-31 11:14:47
chenguestc
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3樓2012-08-30 17:04:34
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4樓2012-08-31 06:47:51
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