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如水.101木蟲 (小有名氣)
冰潔
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[求助]
徑向分布函數(shù)的問題
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(1)我是用Monte Carlo來計算NPT系綜下體系的相平衡的,請問計算的時候需要towhee_template這個文件么? (2)計算結(jié)束后對計算結(jié)構(gòu)進行了徑向分布函數(shù)分析,但是結(jié)果如下,不知是什么原因,哪位高人能給解釋一下,不勝感激! |
我學(xué)習(xí)計算的一些帖子 |

木蟲 (正式寫手)
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我覺得第一個,如果你有這個分子的結(jié)構(gòu)文件,那么可以用這個towhee_template來比較方便;當(dāng)然你也可以直接用towhee_coords文件。 這個rdf的圖,我覺得你應(yīng)該說出你質(zhì)疑的東西來。還有想問下,這個rdf你是用什么做出來的?它是所有每個原子對的rdf然后平均的呢,還是就某一個原子然后做出來的? |
木蟲 (小有名氣)
冰潔

木蟲 (小有名氣)
冰潔
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towhee_template中不就是給出了原子的坐標(biāo)么?我計算的過程中沒有采用這個文件,也沒有用towhee_coords,算完后對數(shù)據(jù)處理的時候得到的徑向分布函數(shù)是圖中那樣的,你看到這樣的徑向分布函數(shù)圖不覺得奇怪么?這個rdf我是用towhee自帶的程序來做的,它是某個原子的不是平均值。下面給出了我認為正確的rdf圖,兩圖的差異就是我質(zhì)疑的地方。 Doc1.doc(119KB) http://kuai.xunlei.com/d/GBWGSTAHSFHB?p=130497 |

木蟲 (正式寫手)
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如果是towhee自帶的程序的話,如果我沒有記錯的話,這個rdf是所有相關(guān)原子對的平均值。還有這倆圖的震蕩是有一些不同,這個會不會和你設(shè)置的橫軸分辨率(也就是你在計算時設(shè)置的bin值)有關(guān)呢。還有對于縱軸的高度說明不了什么問題,這個沒有什么意義的,重點是第一峰,第二峰的位置。 |
木蟲 (小有名氣)
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