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如水.101木蟲(chóng) (小有名氣)
冰潔
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[求助]
徑向分布函數(shù)的問(wèn)題
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（1）我是用Monte Carlo來(lái)計(jì)算NPT系綜下體系的相平衡的，請(qǐng)問(wèn)計(jì)算的時(shí)候需要towhee_template這個(gè)文件么？ （2）計(jì)算結(jié)束后對(duì)計(jì)算結(jié)構(gòu)進(jìn)行了徑向分布函數(shù)分析，但是結(jié)果如下，不知是什么原因，哪位高人能給解釋一下，不勝感激！ |
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2012-09-13 16:26:34, 317.5 K
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如水.101
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9樓2012-09-19 14:47:10
zhang_jaj
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【答案】應(yīng)助回帖
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我覺(jué)得第一個(gè)，如果你有這個(gè)分子的結(jié)構(gòu)文件，那么可以用這個(gè)towhee_template來(lái)比較方便；當(dāng)然你也可以直接用towhee_coords文件。 這個(gè)rdf的圖，我覺(jué)得你應(yīng)該說(shuō)出你質(zhì)疑的東西來(lái)。還有想問(wèn)下，這個(gè)rdf你是用什么做出來(lái)的？它是所有每個(gè)原子對(duì)的rdf然后平均的呢，還是就某一個(gè)原子然后做出來(lái)的？ |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
2樓2012-09-14 11:09:18
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3樓2012-09-15 08:58:54
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towhee_template中不就是給出了原子的坐標(biāo)么？我計(jì)算的過(guò)程中沒(méi)有采用這個(gè)文件，也沒(méi)有用towhee_coords，算完后對(duì)數(shù)據(jù)處理的時(shí)候得到的徑向分布函數(shù)是圖中那樣的，你看到這樣的徑向分布函數(shù)圖不覺(jué)得奇怪么？這個(gè)rdf我是用towhee自帶的程序來(lái)做的，它是某個(gè)原子的不是平均值。下面給出了我認(rèn)為正確的rdf圖，兩圖的差異就是我質(zhì)疑的地方。 Doc1.doc(119KB) http://kuai.xunlei.com/d/GBWGSTAHSFHB?p=130497 |
4樓2012-09-15 09:00:48
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