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落楓4161296鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
氨基酸和混合溶劑形成的氫鍵問題
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用高斯計(jì)算，是計(jì)算溶劑模型還是溶劑效應(yīng) 酪氨酸（還有色氨酸） 和水以及異丙醇的混合溶劑形成的氫鍵怎么算，我要看酪氨酸和混合溶劑形成的氫鍵。還有酪氨酸和單個溶劑形成的氫鍵又怎么算 萬分感謝，等待急用 |
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 氫鍵 |
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2樓2012-09-20 18:32:11
落楓4161296
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3樓2012-09-21 15:16:10
4樓2012-09-21 15:52:38
vigaryang
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| 對于混合溶劑的氫鍵，如果用Gaussian算的話，如何構(gòu)建溶質(zhì)周圍的溶劑化層（即如何確定水分子和異丙醇分子的個數(shù)和位置）將是一大問題。對于這種情況，不如使用分子動力學(xué)模擬進(jìn)行計(jì)算，通過徑向分布函數(shù)可以獲得氫鍵作用的位點(diǎn)、個數(shù)、強(qiáng)度等信息。 |
5樓2012-09-21 23:04:14
落楓4161296
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6樓2012-09-24 14:02:56
sobereva
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【答案】應(yīng)助回帖
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高斯可以做BOMD，無論是基于力場還是基于半經(jīng)驗(yàn)或是從頭算都能做。不過對你的問題來說使用不甚方便。用gromacs、tinker之類來跑比較適合，這幾個分子都有現(xiàn)成的合適的力場參數(shù)。之后從得到的動力學(xué)軌跡中截出一批幀，并且只保留酪氨酸，而鄰近的水和異丙醇只保留一個或數(shù)個。然后在隱式溶劑模型下經(jīng)過優(yōu)化后，可用來考察酪氨酸與水和異丙醇構(gòu)成的氫鍵。這實(shí)際上是雜化溶劑模型（臨近的溶劑顯式表達(dá)，而較遠(yuǎn)的作為平均場處理），在很多文獻(xiàn)中都有使用。 雖然直接根據(jù)動力學(xué)軌跡上做RDF也可以在一定程度上考察氫鍵，但沒法在量子力學(xué)級別上考察溶劑溶質(zhì)之間氫鍵的典型微觀結(jié)構(gòu)。 |
7樓2012-09-24 15:39:10
vigaryang
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8樓2012-09-24 15:39:45
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