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文庫構(gòu)建質(zhì)控 已有1人參與
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從信息分析角度，來檢測文庫構(gòu)建，或者樣品的好壞也是有一些方法的，這里只以轉(zhuǎn)錄組為例（BY seq.cn）： 1. 比回reference的比率。 如果原始樣品有其他物種樣品污染，則比回率會(huì)低于正常水平（~80%）。如果有污染，需要重新準(zhǔn)備樣品。 2. insert size大小分布 如果切膠正常，insert size和預(yù)期的分布應(yīng)該一致，如果不一致，則可能是切膠不均勻?qū)е�。如果insert size過短，會(huì)造成PE測序大部分都o(jì)verlap，雖然數(shù)據(jù)還可以繼續(xù)使用，但是造成很多浪費(fèi)。 3. reads測序質(zhì)量分布 每個(gè)位點(diǎn)的質(zhì)量分布，這個(gè)是測序的影響。如果質(zhì)量過低，需要重測。 4. 用來計(jì)算表達(dá)量的reads總數(shù)。 對于mRNA測序，如果有小RNA的污染，則測序的很多reads是沒有對表達(dá)量有貢獻(xiàn)的，和其他樣品相比，這個(gè)數(shù)字會(huì)偏低，這也可以用來判斷是否有非mRNA的污染。 5. 其他質(zhì)控方法 大家補(bǔ)充啊。 |
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2樓2012-10-22 17:13:33
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