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decent

新蟲 (初入文壇)

應助: 0 (幼兒園)
金幣: 8
帖子: 1
在線: 45分鐘
蟲號: 2065914
注冊: 2012-10-16
專業(yè): 牙體牙髓及根尖周組織疾病

[求助] 細菌16S rDNA焦磷酸測序會不會產生真核生物信息？已有1人參與

我的實驗是用焦磷酸測序進行微生物分類鑒定。PCR擴增細菌16S rDNA V1-V3 region，8F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') and 533R (5'-TTACCGCGGCTGCTGGCAC-3')。Silva106比對，Mothur分析（交給公司做的，技術員走人了）。最后的結果中，大部分序列屬于細菌，但有極少量序列被分配到幾個真核生物（節(jié)足動物門Arthropoda, 棘頭動物門Acanthocephala，毛顎動物門Chaetognatha, 軟體動物門Mollusca ）。這些門類中，Arthropoda有17條序，其他真核門類也就各1條序。真核生物的線粒體16s作為物種鑒定確實有這么個方法，但細菌16s和真核16s的引物應該不是通用的，照理來說不應該產生真核生物信息，不知怎么解釋？難道僅僅是errors in taxonomic assignment? 文章在大修，求教中，萬分感激！

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1樓 2012-10-16 23:48:41

已閱回復此樓關注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

大山1928

銅蟲 (初入文壇)

應助: 0 (幼兒園)
金幣: 159
帖子: 25
在線: 4.3小時
蟲號: 1813297
注冊: 2012-05-12
專業(yè): 水產養(yǎng)殖學

【答案】應助回帖

是否是測序時候的污染呢？比如真菌啥的。還有是不是一些基因在物種之間水平傳遞？

贊一下

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2樓2019-03-08 15:07:13

已閱回復此樓關注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

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