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decent

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 8
帖子: 1
在線: 45分鐘
蟲號(hào): 2065914
注冊(cè): 2012-10-16
專業(yè): 牙體牙髓及根尖周組織疾病

[求助] 細(xì)菌16S rDNA焦磷酸測(cè)序會(huì)不會(huì)產(chǎn)生真核生物信息？已有1人參與

我的實(shí)驗(yàn)是用焦磷酸測(cè)序進(jìn)行微生物分類鑒定。PCR擴(kuò)增細(xì)菌16S rDNA V1-V3 region，8F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') and 533R (5'-TTACCGCGGCTGCTGGCAC-3')。Silva106比對(duì)，Mothur分析（交給公司做的，技術(shù)員走人了）。最后的結(jié)果中，大部分序列屬于細(xì)菌，但有極少量序列被分配到幾個(gè)真核生物（節(jié)足動(dòng)物門Arthropoda, 棘頭動(dòng)物門Acanthocephala，毛顎動(dòng)物門Chaetognatha, 軟體動(dòng)物門Mollusca ）。這些門類中，Arthropoda有17條序，其他真核門類也就各1條序。真核生物的線粒體16s作為物種鑒定確實(shí)有這么個(gè)方法，但細(xì)菌16s和真核16s的引物應(yīng)該不是通用的，照理來說不應(yīng)該產(chǎn)生真核生物信息，不知怎么解釋？難道僅僅是errors in taxonomic assignment? 文章在大修，求教中，萬分感激！

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1樓 2012-10-16 23:48:41

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大山1928

銅蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 水產(chǎn)養(yǎng)殖學(xué)

【答案】應(yīng)助回帖

是否是測(cè)序時(shí)候的污染呢？比如真菌啥的。還有是不是一些基因在物種之間水平傳遞？

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回復(fù)此樓

2樓2019-03-08 15:07:13

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