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koalabear8655鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
NAMD和AMBER在大規(guī)模并行下的計(jì)算速度問(wèn)題
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最近想跑一個(gè)大蛋白（1000個(gè)氨基酸）的動(dòng)力學(xué)，看一個(gè)相互作用位點(diǎn)的運(yùn)動(dòng)情況。 可選軟件有AMBER和NAMD。 可用資源有，1，4個(gè)M2090的GPU；2，天津或上海的超算中心。 老板問(wèn)我哪個(gè)更快些，尤其是在超算中心大量CPU的情況下，NAMD比AMBER能快多少。 網(wǎng)上搜的一些信息都是比較早的，AMBER和NAMD多少都有更新，不知道在比較新版本的速度上，兩者有多大差距。  拜托拜托，謝謝了。 |
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尚慕寒
銅蟲 (初入文壇)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-10-22 13:43:08
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只用過(guò)AMBER 去分子模擬論壇看看吧 那邊很多這方面的高手 http://www.mdbbs.org/ |
2樓2012-10-22 09:20:42
lujunyan1118
金蟲 (小有名氣)
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3樓2012-10-29 20:17:08
wally8962
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4樓2012-11-07 19:19:15
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