 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1364 | 回復(fù): 4 | ||
[求助]
關(guān)于NAMD mpi并行問題
|
|
我下載了已編譯好的放在機(jī)群上。 NAMD_2.8_Linux-x86_64-multicore.tar.tar 解壓后設(shè)置好環(huán)境變量。 運(yùn)行： #!/bin/sh -f #PBS -N NAMD_test #PBS -m n #PBS -l nodes=1:ppn=12 #PBS -l mem=20gb #PBS -q parallel nprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE` cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np $nprocs -hostfile $PBS_NODEFILE namd2 wsg.namd > wsg.log 并行效率很低，基本和沒并行沒什么區(qū)別。 請問：namd 如何用mpi并行起來，需要自己編譯安裝嗎？如何安裝namd with mpi? |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
303求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
有沒有道鐵/土木的想調(diào)劑南林，給自己招師弟中～
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
梁成偉老師課題組歡迎你的加入
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿蘇州大學(xué)材料工程（085601）專碩有科研經(jīng)歷三項(xiàng)國獎(jiǎng)兩個(gè)實(shí)用型專利一項(xiàng)省級立項(xiàng)
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
070300化學(xué)319求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
290求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
材料與化工求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
293求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 關(guān)于MPI并行編程的基本問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】mpi vasp問題
已經(jīng)有32人回復(fù)
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多嗎？如何選擇？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【專家會診】bay 討論namd,gmx處理水溶液,蛋白等MD 模擬;討論水及水通道
已經(jīng)有50人回復(fù)
- 【求助】更改源代碼 并行出問題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】NAMD和Gromacs哪個(gè)簡單？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】兩臺電腦并行問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】namd tutorial遇到問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】NAMD安裝問題
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 【求助】MS4.3/4.4多核處理器并行運(yùn)算的問題
已經(jīng)有24人回復(fù)
- 【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD
已經(jīng)有210人回復(fù)
- 【求助】castep并行計(jì)算問題
已經(jīng)有15人回復(fù)
2樓2012-02-13 09:52:00
JimKarrey
木蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 2435.3
- 帖子: 21
- 在線: 8.9小時(shí)
- 蟲號: 926584
- 注冊: 2009-12-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
3樓2012-02-14 00:45:40
cuiyoutian88
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 890.1
- 散金: 27
- 帖子: 262
- 在線: 198.5小時(shí)
- 蟲號: 1193813
- 注冊: 2011-01-21
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物化學(xué)
4樓2012-02-15 19:38:35
gezhenpeng
銅蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 740.3
- 紅花: 2
- 帖子: 115
- 在線: 155.7小時(shí)
- 蟲號: 968946
- 注冊: 2010-03-12
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
5樓2012-02-21 21:29:18
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 wsgchem 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料與化工求調(diào)劑 +4 | 為學(xué)666 2026-03-16 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自動化所實(shí)習(xí) +6 | Losir 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +5 | 世界首富 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿，福州大學(xué)材料專碩339分求調(diào)劑 +3 | 木子momo青爭 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[基金申請] 國自科面上基金字體 +6 | iwuli 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 考研化學(xué)學(xué)碩調(diào)劑，一志愿985 +3 | 張vvvv 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | Yanyali 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 ，六級已過，有科研經(jīng)歷 +7 | 曦熙兮 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 22408總分284求調(diào)劑 +3 | InAspic 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +4 | 這么名字咋樣 2026-03-14 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +4 | 學(xué)海漂泊 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 308 085701 四六級已過求調(diào)劑 +7 | 溫喬喬喬喬 2026-03-12 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 337一志愿華南理工0805材料求調(diào)劑 +7 | mysdl 2026-03-11 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +4 | 快樂的香蕉 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +5 | 是Lupa啊 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料工程調(diào)劑 +9 | 咪咪空空 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +4 | 芬達(dá)46 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 26考研求調(diào)劑 +5 | 丶宏Sir 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑0856材料化工 +12 | z2839474511 2026-03-11 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +3 | 大口吃飯 身體健 2026-03-13 | 3/150 |
|