 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1367 | 回復(fù): 4 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
[求助]
關(guān)于NAMD mpi并行問題
|
||
|
我下載了已編譯好的放在機群上。 NAMD_2.8_Linux-x86_64-multicore.tar.tar 解壓后設(shè)置好環(huán)境變量。 運行： #!/bin/sh -f #PBS -N NAMD_test #PBS -m n #PBS -l nodes=1:ppn=12 #PBS -l mem=20gb #PBS -q parallel nprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE` cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np $nprocs -hostfile $PBS_NODEFILE namd2 wsg.namd > wsg.log 并行效率很低，基本和沒并行沒什么區(qū)別。 請問：namd 如何用mpi并行起來，需要自己編譯安裝嗎？如何安裝namd with mpi? |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
306求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料學(xué)學(xué)碩337求調(diào)劑-一志愿華中科技大學(xué)
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
313求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境總分308求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
南昌大學(xué)材料專碩311分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
316求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
346求調(diào)劑[0856]
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿山大07化學(xué) 332分 四六級已過 本科山東雙非 求調(diào)劑！
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
310求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 關(guān)于MPI并行編程的基本問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】mpi vasp問題
已經(jīng)有32人回復(fù)
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多嗎？如何選擇？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【專家會診】bay 討論namd,gmx處理水溶液,蛋白等MD 模擬;討論水及水通道
已經(jīng)有50人回復(fù)
- 【求助】更改源代碼 并行出問題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】NAMD和Gromacs哪個簡單？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】兩臺電腦并行問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】namd tutorial遇到問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】NAMD安裝問題
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 【求助】MS4.3/4.4多核處理器并行運算的問題
已經(jīng)有24人回復(fù)
- 【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD
已經(jīng)有210人回復(fù)
- 【求助】castep并行計算問題
已經(jīng)有15人回復(fù)
cuiyoutian88
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 890.1
- 散金: 27
- 帖子: 262
- 在線: 198.5小時
- 蟲號: 1193813
- 注冊: 2011-01-21
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物化學(xué)
4樓2012-02-15 19:38:35
2樓2012-02-13 09:52:00
JimKarrey
木蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 2435.3
- 帖子: 21
- 在線: 8.9小時
- 蟲號: 926584
- 注冊: 2009-12-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
3樓2012-02-14 00:45:40
gezhenpeng
銅蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 740.3
- 紅花: 2
- 帖子: 115
- 在線: 155.7小時
- 蟲號: 968946
- 注冊: 2010-03-12
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
5樓2012-02-21 21:29:18
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 313求調(diào)劑 +3 | 肆叁貳壹22 2026-03-19 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料工程（專）一志愿985 初試335求調(diào)劑 +3 | hiloiy 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料 336 求調(diào)劑 +3 | An@. 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +5 | 冬十三 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +6 | www_q 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 22408 344分 求調(diào)劑 一志愿 華電計算機技術(shù) +4 | solanXXX 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交通 專碩 材料355 本科雙非 求調(diào)劑 +5 | 西南交通專材355 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章 +22 | rare12345 2026-03-18 | 22/1100 |
|
|
|
[考研] 260求調(diào)劑 +3 | 朱芷琳 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +6 | 懷瑾握瑜l 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +5 | @taotao 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0856調(diào)劑，是學(xué)校就去 +8 | sllhht 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研]
 0854，計算機類招收調(diào)劑
+3
|
胡辣湯放糖 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑 +4 | Du.11 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩274一志愿211求調(diào)劑 +6 | 薛云鵬 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +4 | 太陽花天天開心 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[論文投稿] 有沒有大佬發(fā)小論文能帶我個二作 +3 | 增銳漏人 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
11408 一志愿西電，277分求調(diào)劑
+3
|
zhouzhen654 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +4 | ahbd 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 070303 總分349求調(diào)劑 +3 | LJY9966 2026-03-15 | 5/250 |
|