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[求助]
關(guān)于NAMD mpi并行問題
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我下載了已編譯好的放在機(jī)群上。 NAMD_2.8_Linux-x86_64-multicore.tar.tar 解壓后設(shè)置好環(huán)境變量。 運(yùn)行： #!/bin/sh -f #PBS -N NAMD_test #PBS -m n #PBS -l nodes=1:ppn=12 #PBS -l mem=20gb #PBS -q parallel nprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE` cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np $nprocs -hostfile $PBS_NODEFILE namd2 wsg.namd > wsg.log 并行效率很低，基本和沒并行沒什么區(qū)別。 請(qǐng)問：namd 如何用mpi并行起來，需要自己編譯安裝嗎？如何安裝namd with mpi? |
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gezhenpeng
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4樓2012-02-15 19:38:35
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