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dson至尊木蟲 (著名寫手)
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[求助]
計(jì)算0基礎(chǔ)菜鳥求助：優(yōu)化過渡態(tài)結(jié)構(gòu)并得到過渡態(tài)數(shù)據(jù)
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各位大俠，小弟理論計(jì)算方面之前沒有接觸過，現(xiàn)在有如下三個(gè)底物：甲醇、己內(nèi)酯、二苯磷酸酯三個(gè)底物，可能存在的過渡態(tài)分別為TS1 TS2（對(duì)應(yīng)兩種不同的反應(yīng)機(jī)理，（第二張有氫鍵長(zhǎng)度的圖是文獻(xiàn)中的截圖），現(xiàn)在我想知道算出第二幅圖中過渡態(tài)數(shù)據(jù)的方法。 文獻(xiàn)方法如下（看得云里霧里，想知道具體步驟）：Calculations were carried out with the Gaussian 03 suite of programs at the DFT level of theory using the hybrid functional B3PW91. Sulfur, nitrogen, carbon, oxygen and hydrogen atoms were described with a 6-31G(d,p) double-z basis set. Phosphorus and fluorine atoms were treated with a Stuttgart–Dresden pseudopotential in combination with its adapted basis set augmented by a set of polarization function d. Geometry optimizations were carried out without any symmetry restrictions, and the nature of the extrema was verified with analytical frequency calculations. The intrinsic reaction coordinate was followed using the IRC technique for all located transition states. The reference energy has been set to zero for the most stable ternary adduct of reactants. 第一個(gè)問題：通過看網(wǎng)上論壇以及文獻(xiàn)里的提示，在Gaussian計(jì)算前需要在chem3D中對(duì)結(jié)構(gòu)先進(jìn)行優(yōu)化，那么請(qǐng)問是用哪個(gè)方法？MM2,還是mopac,或是其他在chem3D中的優(yōu)化結(jié)構(gòu)方法？ 第二個(gè)問題 chem3D中算出的氫鍵長(zhǎng)度可不可靠（和文獻(xiàn)報(bào)道有較大差異）？Gaussian 09或者Gauss view中可以做氫鍵長(zhǎng)度計(jì)算嗎？怎么搞捏？ 第三個(gè)問題 優(yōu)化好結(jié)構(gòu)后在Gaussian中用DFT作TS的計(jì)算（文獻(xiàn)有方法），如何從Gaussian計(jì)算后的那些一大片數(shù)據(jù)中找到有用的信息呢？ DPP CL MeOH 過渡態(tài).gif TS結(jié)構(gòu)及氫鍵.jpg [ 來自科研家族 高分子家族 ] |
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dson
至尊木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 6 (幼兒園)
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- 紅花: 4
- 帖子: 1352
- 在線: 296.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 699047
- 注冊(cè): 2009-02-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
這是為何...... 
2樓2012-10-20 13:21:10
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3樓2012-10-22 00:33:16
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