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458699070銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
Chemdrow 3D MM2最小化能量模擬出的結(jié)構(gòu)與ROESY不符怎么辦?
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| 一個(gè)環(huán)阿爾廷烷型三萜C環(huán)的構(gòu)型從ROESY信號(hào)上看是船型 (boat conformaton),但用Chem3D 模擬出的結(jié)構(gòu)MM2能量最小化后C環(huán)卻是椅型 (chair conformaton),請(qǐng)問(wèn)怎么樣可以把這個(gè)3D結(jié)構(gòu)中的C環(huán)調(diào)成船型 (用于文章發(fā)表) 的呢? |
銀蟲(chóng) (小有名氣)
木蟲(chóng) (小有名氣)
| chemdrow 3D 的那個(gè)能量模擬功能本來(lái)就不是很準(zhǔn),不能跟專業(yè)的軟件相比的。據(jù)說(shuō)這個(gè)軟件模擬出來(lái)的數(shù)據(jù)可能有些好雜志都是不太認(rèn)可的,所以你還是選擇一些比較專業(yè)的軟件吧。另外一般計(jì)算機(jī)模擬都是已經(jīng)有一定的實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)而通過(guò)模擬方法進(jìn)行印證的,或者在文章中用來(lái)錦上添花的,如果單單只有一個(gè)模擬的話,可能內(nèi)容不太完整吧~謹(jǐn)供樓主參考。 |
木蟲(chóng) (小有名氣)
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呵呵,我是藥劑專業(yè)的,對(duì)這個(gè)了解也不是很深入,因?yàn)榍耙魂囎右蚕胗靡幌,所以詢?wèn)了一些同學(xué)。計(jì)算模擬空間構(gòu)象要看你的分子是不是很大了,一般的小分子你可以試試MOE或者discovery studio。這兩個(gè)軟件在平時(shí)自己的電腦上就可以運(yùn)行,但是如果你的分子特別大,或者涉及計(jì)算跟蛋白有關(guān)的擬合比如分子對(duì)接之類的,那可能平常的筆記本電腦就不能勝任了,需要大型的工作站才可以。 |
銀蟲(chóng) (小有名氣)
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