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458699070銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
Chemdrow 3D MM2最小化能量模擬出的結(jié)構(gòu)與ROESY不符怎么辦？
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| 一個(gè)環(huán)阿爾廷烷型三萜C環(huán)的構(gòu)型從ROESY信號(hào)上看是船型 (boat conformaton)，但用Chem3D 模擬出的結(jié)構(gòu)MM2能量最小化后C環(huán)卻是椅型 (chair conformaton)，請(qǐng)問(wèn)怎么樣可以把這個(gè)3D結(jié)構(gòu)中的C環(huán)調(diào)成船型 (用于文章發(fā)表) 的呢？ |
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暢_暢
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
458699070: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2012-11-05 09:41:01
458699070: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2012-11-05 09:41:01
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呵呵，我是藥劑專業(yè)的，對(duì)這個(gè)了解也不是很深入，因?yàn)榍耙魂囎右蚕胗靡幌拢栽儐?wèn)了一些同學(xué)。計(jì)算模擬空間構(gòu)象要看你的分子是不是很大了，一般的小分子你可以試試MOE或者discovery studio。這兩個(gè)軟件在平時(shí)自己的電腦上就可以運(yùn)行，但是如果你的分子特別大，或者涉及計(jì)算跟蛋白有關(guān)的擬合比如分子對(duì)接之類的，那可能平常的筆記本電腦就不能勝任了，需要大型的工作站才可以。 |
4樓2012-11-05 08:52:26
暢_暢
木蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
| chemdrow 3D 的那個(gè)能量模擬功能本來(lái)就不是很準(zhǔn)，不能跟專業(yè)的軟件相比的。據(jù)說(shuō)這個(gè)軟件模擬出來(lái)的數(shù)據(jù)可能有些好雜志都是不太認(rèn)可的，所以你還是選擇一些比較專業(yè)的軟件吧。另外一般計(jì)算機(jī)模擬都是已經(jīng)有一定的實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)而通過(guò)模擬方法進(jìn)行印證的，或者在文章中用來(lái)錦上添花的，如果單單只有一個(gè)模擬的話，可能內(nèi)容不太完整吧~謹(jǐn)供樓主參考。 |
2樓2012-11-04 18:49:44
458699070
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3樓2012-11-04 20:13:57
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5樓2012-11-05 09:40:57
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