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[求助]
求助，關(guān)于pcr擴增后產(chǎn)物序列在ncbi上的比對，以及3' race接頭引物的設(shè)計。。
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我是研一的，剛接觸實驗，什么都不懂，在摸索過程中，希望大家多多幫助。。 兩個問題，第一，我通過pcr擴增出了一個與預(yù)期大小一樣的片段，pcr產(chǎn)物沒有經(jīng)過純化回收就直接送到公司測序了。然后把測序結(jié)果在ncbi上比對了一下，結(jié)果我看不懂，希望大家?guī)臀曳治鲆幌隆?br /> 我測得的這個序列是我想要的基因么？為什么會中間空掉那么多？能接著往下做3' race么？ 下面這個是我pcr的電泳圖 第二個問題，接著往下做3' race，不買試劑盒，自己合成接頭引物該怎么設(shè)計。。我從網(wǎng)上找了引物試了一下，結(jié)果就是，都沒有結(jié)果。。  這是我的接頭引物（從網(wǎng)上借的），3'ap-GCTGTCAACGATACGCTACGTAACGGCATGACAGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTT 3'Primer-GCTGTCAACGATACGCTACGTAACG 這個是自己設(shè)計的特異性引物，不過是根據(jù)上面那個公司測序序列設(shè)計的，很可能有很大關(guān)系，GSP1-TCGAACAACCGTTTATCAGGGCCAGTC 調(diào)了退火溫度，換了rna模板的結(jié)果都是這樣。我個人覺得是引物問題，是接頭引物不能通用？還是需要我重新測中間片段的序列再設(shè)計特異性引物？ 因為是新人，問題比較多，但是金幣比較少，希望大家不吝賜教，先謝謝各位了，幫助我進步吧。。  |
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Fleaves
至尊木蟲 (著名寫手)
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