 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2989 | 回復(fù): 7 | ||
[求助]
gromacs中MM-GBSA計(jì)算 已有1人參與
|
|
大家好。我現(xiàn)在裝的是gromacs4.5.4，這個(gè)版本的gromacs已經(jīng)可以做GBSA了。所以我現(xiàn)在想用MM-GBSA的方法計(jì)算protein-ligand之間的結(jié)合自由能。 MM-GBSA方法計(jì)算結(jié)合自由能的公式如下 deltaG=EMM-TdeltaSMM+deltaGsolv 其中EMM就是protein與ligand之間的靜電能和范德華能之和，我用PME方法處理長程靜電力。軌跡跑完后定義energygrps=protein ligand，用rerun重新跑軌跡得到protein和ligand之間的LJ-SR,LJ-LR,COUL-SR這三項(xiàng)，還有系統(tǒng)的coul-recip項(xiàng)。我覺得EMM=LJ-SR+LJ-LR+COUL-SR+COUL-LR.可是coul-recip是系統(tǒng)總的長程靜電能，而得不到protein和ligand之間的長程靜電能COUL-LR。 請問大家這個(gè)問題應(yīng)該怎么解決呢？ 我用顯示溶劑跑的軌跡，之后應(yīng)該可以用rerun來跑GBSA得到Gsolv吧？我試過可以得到但是不知道這種方法得到的結(jié)果是否正確。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
能源材料化學(xué)課題組招收碩士研究生8-10名
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
296求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
0703化學(xué)調(diào)劑 ，六級(jí)已過，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
材料與化工求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
299求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
277調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 呼叫g(shù)romacs大神
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 請教GMX中做QM/MM
已經(jīng)有1人回復(fù)
2樓2012-11-13 14:56:55
piaoluodeyu
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1242.6
- 紅花: 2
- 帖子: 288
- 在線: 213.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 1051343
- 注冊: 2010-07-03
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
3樓2012-11-13 15:45:50
4樓2012-11-13 20:28:31
piaoluodeyu
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1242.6
- 紅花: 2
- 帖子: 288
- 在線: 213.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 1051343
- 注冊: 2010-07-03
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
5樓2012-11-14 08:38:10
6樓2012-11-14 14:11:00
piaoluodeyu
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1242.6
- 紅花: 2
- 帖子: 288
- 在線: 213.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 1051343
- 注冊: 2010-07-03
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
7樓2012-11-14 20:26:02
8樓2014-12-06 16:56:00
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 yuhua6613 的主題更新
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +5 | yy要上岸呀 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料與化工求調(diào)劑 +6 | 為學(xué)666 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語六級(jí)551，有科研經(jīng)歷 +3 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)工程321分求調(diào)劑 +11 | 大米飯！ 2026-03-15 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +6 | Zz版 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 有沒有道鐵/土木的想調(diào)劑南林，給自己招師弟中～ +3 | TqlXswl 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +6 | 孔志浩 2026-03-12 | 11/550 |
|
|
|
[文學(xué)芳草園] 伙伴們，祝我生日快樂吧 +17 | myrtle 2026-03-10 | 26/1300 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +4 | ahbd 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 297一志愿上交085600求調(diào)劑 +5 | 指尖八千里 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +3 | 5201314Lsy！ 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +3 | Dizzy123@ 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[碩博家園] 085600 260分求調(diào)劑 +3 | 天空還下雨么 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +5 | 一定有學(xué)上- 2026-03-12 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求b區(qū)學(xué)校調(diào)劑 +3 | 周56 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 程雨杭 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 328化工專碩求調(diào)劑 +4 | 。，。，。，。i 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 是Lupa啊 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿山大07化學(xué) 332分 四六級(jí)已過 本科山東雙非 求調(diào)劑！ +3 | 不想理你 2026-03-12 | 3/150 |
|