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gromacs中MM-GBSA計(jì)算 已有1人參與
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大家好。我現(xiàn)在裝的是gromacs4.5.4，這個(gè)版本的gromacs已經(jīng)可以做GBSA了。所以我現(xiàn)在想用MM-GBSA的方法計(jì)算protein-ligand之間的結(jié)合自由能。 MM-GBSA方法計(jì)算結(jié)合自由能的公式如下 deltaG=EMM-TdeltaSMM+deltaGsolv 其中EMM就是protein與ligand之間的靜電能和范德華能之和，我用PME方法處理長(zhǎng)程靜電力。軌跡跑完后定義energygrps=protein ligand，用rerun重新跑軌跡得到protein和ligand之間的LJ-SR,LJ-LR,COUL-SR這三項(xiàng)，還有系統(tǒng)的coul-recip項(xiàng)。我覺(jué)得EMM=LJ-SR+LJ-LR+COUL-SR+COUL-LR.可是coul-recip是系統(tǒng)總的長(zhǎng)程靜電能，而得不到protein和ligand之間的長(zhǎng)程靜電能COUL-LR。 請(qǐng)問(wèn)大家這個(gè)問(wèn)題應(yīng)該怎么解決呢？ 我用顯示溶劑跑的軌跡，之后應(yīng)該可以用rerun來(lái)跑GBSA得到Gsolv吧？我試過(guò)可以得到但是不知道這種方法得到的結(jié)果是否正確。 |
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4樓2012-11-13 20:28:31
2樓2012-11-13 14:56:55
piaoluodeyu
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