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Gwax07金蟲(chóng) (小有名氣)
Sir
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[求助]
呼叫g(shù)romacs大神
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Sample Text想問(wèn)問(wèn)使用make_ndx命令分組的問(wèn)題,我不需要定義哪些具體的原子為一個(gè)組,而是想把體系中距某個(gè)中心原子一定半徑以內(nèi)的所有原子定義成一個(gè)組,之外的定義成另一個(gè)組(隨著系統(tǒng)的動(dòng)力學(xué)演化,半徑之內(nèi)的原子可能跑到外面去,外面的也可能跑進(jìn)來(lái),所以無(wú)法按照具體的原子序號(hào)來(lái)定義組),請(qǐng)問(wèn)各位這樣定義組的方式在gromacs里面能實(shí)現(xiàn)嗎? 另外本人想做qm/mm計(jì)算,目前已經(jīng)成功地將mopac編譯進(jìn)gromacs中,但是我看手冊(cè)上的說(shuō)明,似乎基組只能用到6-311系列,那么其它的呢?比如說(shuō)過(guò)渡金屬常用的lanl2dz以及其贗勢(shì)能否使用呢? 望各位不吝賜教,謝謝. [ Last edited by Gwax07 on 2012-12-25 at 18:35 ] |
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2樓2012-12-26 01:17:31
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謝謝,我也覺(jué)得似乎make_ndx不太可能實(shí)現(xiàn),但是想確認(rèn)一下;另外我對(duì)mopac這個(gè)程序不熟悉,不過(guò)您確定沒(méi)有基組?gromacs明確表示支持mopac,GAMESS-UK以及gaussian的接口,只要用這3種之一編譯進(jìn)gromacs,就能實(shí)現(xiàn)qm/mm,并且使用gaussian基組,mopac里面應(yīng)該也包含abinito的算法吧,即使只有半經(jīng)驗(yàn)的方法例如AM1,PM3這些,也只是哈密頓算符的寫(xiě)法是半經(jīng)驗(yàn)的,其實(shí)還是用量子力學(xué)的方式運(yùn)作的吧?基組應(yīng)該會(huì)有吧,只是我不太清楚能否支持到lanl2dz或lanl2mb這類全電子雙zeta型的基組。 |
4樓2012-12-26 09:14:04
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5樓2012-12-26 09:50:27
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8樓2012-12-26 12:45:45
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9樓2012-12-26 13:20:18
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【答案】應(yīng)助回帖
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chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-12-27 09:35:25
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-12-27 09:35:25
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半經(jīng)驗(yàn)方法是對(duì)從頭算的簡(jiǎn)化，都只考慮價(jià)層電子和π電子，只使用最小基組：對(duì)每個(gè)原子只考慮一個(gè)s軌道，三個(gè)p軌道（px、py、pz），有時(shí)也考慮d軌道。 當(dāng)處理靜電排斥能和電子交換能時(shí)，它們都利用了近似的方法計(jì)算積分；在求解自洽場(chǎng)方程時(shí)它們都忽略了重疊積分。 所有積分的計(jì)算都是基于經(jīng)驗(yàn)參數(shù)的簡(jiǎn)單公式。 |
10樓2012-12-26 23:38:41
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