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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 專家會診 » 呼叫gromacs大神
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Gwax07金蟲 (小有名氣)
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呼叫gromacs大神
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Sample Text想問問使用make_ndx命令分組的問題,我不需要定義哪些具體的原子為一個組,而是想把體系中距某個中心原子一定半徑以內的所有原子定義成一個組,之外的定義成另一個組(隨著系統(tǒng)的動力學演化,半徑之內的原子可能跑到外面去,外面的也可能跑進來,所以無法按照具體的原子序號來定義組),請問各位這樣定義組的方式在gromacs里面能實現嗎? 另外本人想做qm/mm計算,目前已經成功地將mopac編譯進gromacs中,但是我看手冊上的說明,似乎基組只能用到6-311系列,那么其它的呢?比如說過渡金屬常用的lanl2dz以及其贗勢能否使用呢? 望各位不吝賜教,謝謝. [ Last edited by Gwax07 on 2012-12-25 at 18:35 ] |
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