 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1253 | 回復(fù): 9 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
Gwax07金蟲 (小有名氣)
Sir
|
[求助]
呼叫g(shù)romacs大神
|
||
|
Sample Text想問問使用make_ndx命令分組的問題,我不需要定義哪些具體的原子為一個組,而是想把體系中距某個中心原子一定半徑以內(nèi)的所有原子定義成一個組,之外的定義成另一個組(隨著系統(tǒng)的動力學(xué)演化,半徑之內(nèi)的原子可能跑到外面去,外面的也可能跑進來,所以無法按照具體的原子序號來定義組),請問各位這樣定義組的方式在gromacs里面能實現(xiàn)嗎? 另外本人想做qm/mm計算,目前已經(jīng)成功地將mopac編譯進gromacs中,但是我看手冊上的說明,似乎基組只能用到6-311系列,那么其它的呢?比如說過渡金屬常用的lanl2dz以及其贗勢能否使用呢? 望各位不吝賜教,謝謝. [ Last edited by Gwax07 on 2012-12-25 at 18:35 ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 Gromacs |
» 猜你喜歡
化工調(diào)劑303分，過四級
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
071000生物學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿華東理工大學(xué)，080500學(xué)碩，317分，求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
327求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
0856初試324分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
08開頭看過來�。。�
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
材料調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿北京科技大學(xué)085601材料工程英一數(shù)二初試總分335求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
085900土木水利336分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
319求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
Gwax07
金蟲 (小有名氣)
Sir
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 787.7
- 帖子: 161
- 在線: 139.2小時
- 蟲號: 439135
- 注冊: 2007-10-08
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
|
謝謝,我也覺得似乎make_ndx不太可能實現(xiàn),但是想確認(rèn)一下;另外我對mopac這個程序不熟悉,不過您確定沒有基組?gromacs明確表示支持mopac,GAMESS-UK以及gaussian的接口,只要用這3種之一編譯進gromacs,就能實現(xiàn)qm/mm,并且使用gaussian基組,mopac里面應(yīng)該也包含abinito的算法吧,即使只有半經(jīng)驗的方法例如AM1,PM3這些,也只是哈密頓算符的寫法是半經(jīng)驗的,其實還是用量子力學(xué)的方式運作的吧?基組應(yīng)該會有吧,只是我不太清楚能否支持到lanl2dz或lanl2mb這類全電子雙zeta型的基組。 |
4樓2012-12-26 09:14:04
chembetsey
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 125 (高中生)
- 金幣: 3820.1
- 散金: 5
- 紅花: 9
- 帖子: 262
- 在線: 281.8小時
- 蟲號: 1781694
- 注冊: 2012-04-27
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
2樓2012-12-26 01:17:31
zhoufeng1982
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2431.1
- 散金: 1
- 紅花: 3
- 帖子: 2691
- 在線: 82.6小時
- 蟲號: 1193591
- 注冊: 2011-01-21
- 專業(yè): 物理化學(xué)
3樓2012-12-26 08:33:53
chembetsey
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 125 (高中生)
- 金幣: 3820.1
- 散金: 5
- 紅花: 9
- 帖子: 262
- 在線: 281.8小時
- 蟲號: 1781694
- 注冊: 2012-04-27
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
5樓2012-12-26 09:50:27
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085900土木水利336分求調(diào)劑 +4 | Zhangjiangj 2026-03-31 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 生醫(yī)工0831調(diào)劑求推薦 +5 | 小熊睿睿_s 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑一志愿哈工大324 +8 | 閆旭東 2026-03-28 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 0710生物學(xué)336分求調(diào)劑 +3 | kiyy 2026-04-01 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +14 | 是妍子也是研子 2026-03-30 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 0710生物學(xué)求調(diào)劑 +9 | manman511 2026-04-01 | 9/450 |
|
|
|
[基金申請]
請問共同通訊和共同一作的認(rèn)可度問題
 30+3
|
psa1234 2026-04-01 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求生物學(xué)調(diào)劑 +8 | 15172915737 2026-04-01 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿鄭大085600，310分求調(diào)劑 +6 | 李瀟可 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +10 | 李芷新1 2026-03-31 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿南昌大學(xué)324求調(diào)劑 +7 | hanamiko 2026-03-30 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +3 | 迷蒙木木 2026-04-01 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 08工科，295，接受跨專業(yè)調(diào)劑 +6 | lmnlzy 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +8 | 七憶77 2026-04-01 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0710生物學(xué)求調(diào)劑！ +6 | 敘述文 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京科技大學(xué)材料學(xué)碩328分求調(diào)劑 +4 | 1段時間 2026-03-31 | 5/250 |
|
|
|
[考博] 材料專業(yè)申博 +5 | 杜雨婷dyt 2026-03-29 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 276求調(diào)劑 +3 | 趙久華 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +10 | 彼岸t 2026-03-29 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +7 | 爭取九點睡 2026-03-28 | 8/400 |
|