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[求助]
細菌種屬的鑒定（系統(tǒng)發(fā)育樹）--急用
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我對篩選的一個菌的16SrRNA測序后，然后建了個系統(tǒng)發(fā)育樹，但是我的菌在樹根的最枝頭上（如圖），請問這這個菌的種屬怎么確定��？謝謝！ 14.jpg 14-2.jpg [ Last edited by moucheng on 2012-11-20 at 10:56 ] |
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【答案】應助回帖
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zhang8826857: 金幣+3, good 2012-11-24 16:34:28
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zhang8826857: 金幣+3, good 2012-11-24 16:34:28
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單純從你的樹來看：1外群還有很多選擇可改進，2 內(nèi)群有點稍微盲目了，從你選的種類來看，種類多且都是每個種一個序列，這樣固然可以增加種類豐度，但是在建樹時卻不利形成有效分枝。建議可以選擇與Bicallus同一個科內(nèi)的屬或者其他作為外群；內(nèi)群上每一個種盡量大于一個序列，其次根據(jù)相似性，幾個有代表性的種，并不是種類越多越好。 PS： 請問你在NCBI進行相似性比對后 有相似性100%或者說大于97%以上的嗎？如果有又是什么種類，是哪些種類？這樣應該對你確定它是什么 有參考. |
3樓2012-11-20 22:15:01
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