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細(xì)菌種屬的鑒定（系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)）--急用
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我對(duì)篩選的一個(gè)菌的16SrRNA測(cè)序后，然后建了個(gè)系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，但是我的菌在樹(shù)根的最枝頭上（如圖），請(qǐng)問(wèn)這這個(gè)菌的種屬怎么確定啊？謝謝！ 14.jpg 14-2.jpg [ Last edited by moucheng on 2012-11-20 at 10:56 ] |
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9樓2012-11-27 14:29:03
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2樓2012-11-20 16:29:02
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【答案】應(yīng)助回帖
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moucheng: 金幣+3, ★有幫助, 謝謝！ 2012-11-20 23:03:55
zhang8826857: 金幣+3, good 2012-11-24 16:34:28
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zhang8826857: 金幣+3, good 2012-11-24 16:34:28
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單純從你的樹(shù)來(lái)看：1外群還有很多選擇可改進(jìn)，2 內(nèi)群有點(diǎn)稍微盲目了，從你選的種類(lèi)來(lái)看，種類(lèi)多且都是每個(gè)種一個(gè)序列，這樣固然可以增加種類(lèi)豐度，但是在建樹(shù)時(shí)卻不利形成有效分枝。建議可以選擇與Bicallus同一個(gè)科內(nèi)的屬或者其他作為外群；內(nèi)群上每一個(gè)種盡量大于一個(gè)序列，其次根據(jù)相似性，幾個(gè)有代表性的種，并不是種類(lèi)越多越好。 PS： 請(qǐng)問(wèn)你在NCBI進(jìn)行相似性比對(duì)后 有相似性100%或者說(shuō)大于97%以上的嗎？如果有又是什么種類(lèi)，是哪些種類(lèi)？這樣應(yīng)該對(duì)你確定它是什么 有參考. |
3樓2012-11-20 22:15:01
4樓2012-11-20 23:09:17
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