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[求助]
活性中心含雙銅的蛋白酶的分子動(dòng)力學(xué)模擬（Amber）
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| 求助大俠們：蛋白為雙銅中心，每個(gè)銅配位3個(gè)His，現(xiàn)在想用amber要跑一個(gè)空蛋白的動(dòng)力學(xué)，如何開(kāi)發(fā)銅中心的力場(chǎng)參數(shù)，就是frcmod文件的準(zhǔn)備？ |
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 amber |
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游子8921
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游子8921
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2樓2012-11-26 16:21:32
lujunyan1118
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2012-11-26 22:33:26
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如果是鋅的參數(shù)，可以參考這篇文獻(xiàn)，有很多現(xiàn)成的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2941202/ 銅的話比較少，電荷可以自己用高斯算，推薦用R.E.D 鍵長(zhǎng)鍵角參數(shù)最好是去文獻(xiàn)里面找，實(shí)在沒(méi)辦法了才選自自己發(fā)展。也可以用上面那個(gè)MCPB的方法 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
3樓2012-11-26 22:13:18
送鮮花一朵 |
你好，我的蛋白是PDB庫(kù)里下載的，然后我是將活性中心的兩個(gè)銅和配位的6個(gè)his拿出來(lái)，在高斯下固定兩個(gè)銅，進(jìn)行優(yōu)化和頻率以及ESP電荷的計(jì)算，然后寫(xiě)frcmod文件的時(shí)候，不知道如何從高斯輸出文件中把拉伸力常數(shù)和扭曲力常數(shù)提取出來(lái)？ 文獻(xiàn)里的都是不同體系的鍵長(zhǎng)鍵角，可以直接拿來(lái)用嗎？ MCPB你指得是amber里的Metal Center Parameter Builder ？這個(gè)我不太會(huì)用，看什么能夠比較快上手？ |
4樓2012-11-27 21:52:38
lujunyan1118
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-11-28 10:37:29
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-11-28 10:37:29
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amber里面有個(gè)叫MTK++的組件，在MTK++的manual里面有一章講的是MCPB，有個(gè)tutorial可以跟著做，不過(guò)也是比較麻煩。它的原理就是從gauss的log文件里提取頻率等信息，轉(zhuǎn)化成鍵能參數(shù)。手動(dòng)提到話我也不太會(huì)，可能要用到專(zhuān)門(mén)的腳本。 不同的體系關(guān)系我覺(jué)得不太大，因?yàn)槟闼愕脮r(shí)候本來(lái)就只把活性中心附近的殘基摳出來(lái)的，沒(méi)有考慮其他殘基的作用，優(yōu)化以后可能就可pdb結(jié)構(gòu)不一樣了 不過(guò)還是越接近越好，起碼也要是6個(gè)his和兩個(gè)cu配位的結(jié)構(gòu)（也許不太好找）。。。你可以發(fā)郵件給發(fā)展MCPB方法的那個(gè)組，或在amber論壇上求助，看有沒(méi)有現(xiàn)成的參數(shù) |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
5樓2012-11-27 22:46:51
送鮮花一朵 |
謝謝，最后問(wèn)下MCPB那個(gè)組的郵箱寫(xiě)哪一個(gè)，是Martin B. Peters (martin.b.peters@gmail.com)這個(gè)嗎？ 是分子模擬論壇上的amber板塊嗎？還是Center for Structural Biology的AMBER Archive ？ 問(wèn)的有點(diǎn)多，不要介意啊. |
6樓2012-11-28 10:27:51
lujunyan1118
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【答案】應(yīng)助回帖
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沒(méi)事～ http://archive.ambermd.org/ 這個(gè)上面找或者問(wèn) 郵箱應(yīng)該就是那個(gè)，他們組有中國(guó)學(xué)生 |
7樓2012-11-28 12:41:18
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