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[求助]
活性中心含雙銅的蛋白酶的分子動力學模擬（Amber）
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| 求助大俠們：蛋白為雙銅中心，每個銅配位3個His，現(xiàn)在想用amber要跑一個空蛋白的動力學，如何開發(fā)銅中心的力場參數(shù)，就是frcmod文件的準備？ |
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 amber |
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chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2012-11-26 22:33:26
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如果是鋅的參數(shù)，可以參考這篇文獻，有很多現(xiàn)成的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2941202/ 銅的話比較少，電荷可以自己用高斯算，推薦用R.E.D 鍵長鍵角參數(shù)最好是去文獻里面找，實在沒辦法了才選自自己發(fā)展。也可以用上面那個MCPB的方法 |
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3樓2012-11-26 22:13:18
4樓2012-11-27 21:52:38
lujunyan1118
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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-11-28 10:37:29
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-11-28 10:37:29
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amber里面有個叫MTK++的組件，在MTK++的manual里面有一章講的是MCPB，有個tutorial可以跟著做，不過也是比較麻煩。它的原理就是從gauss的log文件里提取頻率等信息，轉化成鍵能參數(shù)。手動提到話我也不太會，可能要用到專門的腳本。 不同的體系關系我覺得不太大，因為你算得時候本來就只把活性中心附近的殘基摳出來的，沒有考慮其他殘基的作用，優(yōu)化以后可能就可pdb結構不一樣了 不過還是越接近越好，起碼也要是6個his和兩個cu配位的結構（也許不太好找）。。。你可以發(fā)郵件給發(fā)展MCPB方法的那個組，或在amber論壇上求助，看有沒有現(xiàn)成的參數(shù) |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
5樓2012-11-27 22:46:51
送鮮花一朵 |
謝謝，最后問下MCPB那個組的郵箱寫哪一個，是Martin B. Peters (martin.b.peters@gmail.com)這個嗎？ 是分子模擬論壇上的amber板塊嗎？還是Center for Structural Biology的AMBER Archive ？ 問的有點多，不要介意啊. |
6樓2012-11-28 10:27:51
lujunyan1118
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