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[求助]
活性中心含雙銅的蛋白酶的分子動(dòng)力學(xué)模擬（Amber）
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| 求助大俠們：蛋白為雙銅中心，每個(gè)銅配位3個(gè)His，現(xiàn)在想用amber要跑一個(gè)空蛋白的動(dòng)力學(xué)，如何開發(fā)銅中心的力場參數(shù)，就是frcmod文件的準(zhǔn)備？ |
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 amber |
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lujunyan1118
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【答案】應(yīng)助回帖
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chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2012-11-26 22:33:26
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如果是鋅的參數(shù)，可以參考這篇文獻(xiàn)，有很多現(xiàn)成的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2941202/ 銅的話比較少，電荷可以自己用高斯算，推薦用R.E.D 鍵長鍵角參數(shù)最好是去文獻(xiàn)里面找，實(shí)在沒辦法了才選自自己發(fā)展。也可以用上面那個(gè)MCPB的方法 |
floon3樓2012-11-26 22:13:18
游子8921
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游子8921
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2樓2012-11-26 16:21:32
4樓2012-11-27 21:52:38
lujunyan1118
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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-11-28 10:37:29
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-11-28 10:37:29
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amber里面有個(gè)叫MTK++的組件，在MTK++的manual里面有一章講的是MCPB，有個(gè)tutorial可以跟著做，不過也是比較麻煩。它的原理就是從gauss的log文件里提取頻率等信息，轉(zhuǎn)化成鍵能參數(shù)。手動(dòng)提到話我也不太會(huì)，可能要用到專門的腳本。 不同的體系關(guān)系我覺得不太大，因?yàn)槟闼愕脮r(shí)候本來就只把活性中心附近的殘基摳出來的，沒有考慮其他殘基的作用，優(yōu)化以后可能就可pdb結(jié)構(gòu)不一樣了 不過還是越接近越好，起碼也要是6個(gè)his和兩個(gè)cu配位的結(jié)構(gòu)（也許不太好找）。。。你可以發(fā)郵件給發(fā)展MCPB方法的那個(gè)組，或在amber論壇上求助，看有沒有現(xiàn)成的參數(shù) |
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5樓2012-11-27 22:46:51
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