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zhongyunxia新蟲 (小有名氣)
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[求助]
g_msd求擴散系數(shù)
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| 請教大家，最近用gromcs計算擴散系數(shù)，使用命令為g_msd -f md.trr s md.tpr -o msd.xvg,整個體系為一個純體系，包括5000個原子，直接用上述命令求出來的擴散系數(shù)可信嗎？看相關(guān)帖子說擬合的時候需要仔細選取擬合的起點和終點，那么整個起點和終點怎么確定？還有manual中提到-trestart ，The time between additional starting points for the MSD calculation is set with -trestart 意思是 -trestart 標定了起始點的時間間隔。 請問這里的起始點（starting points）什么意思？是不是計算msd的初始位置點？ g_msd 是不是只計算兩個起始點時間間隔內(nèi)的msd，然后在繪制一條組合的msd曲線（上一間隔的終點為下一間隔的起點，問題較多，請各位幫忙解答！謝謝 |
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2樓2012-12-07 10:22:56
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