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zhongyunxia

新蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 化工熱力學(xué)和基礎(chǔ)數(shù)據(jù)

[求助] g_msd求擴(kuò)散系數(shù)

請教大家，最近用gromcs計算擴(kuò)散系數(shù)，使用命令為g_msd -f md.trr s md.tpr -o msd.xvg,整個體系為一個純體系，包括5000個原子，直接用上述命令求出來的擴(kuò)散系數(shù)可信嗎？看相關(guān)帖子說擬合的時候需要仔細(xì)選取擬合的起點(diǎn)和終點(diǎn)，那么整個起點(diǎn)和終點(diǎn)怎么確定？還有manual中提到-trestart ，The time between additional starting points for the MSD calculation is set with -trestart 意思是 -trestart 標(biāo)定了起始點(diǎn)的時間間隔。請問這里的起始點(diǎn)（starting points）什么意思？是不是計算msd的初始位置點(diǎn)？ g_msd 是不是只計算兩個起始點(diǎn)時間間隔內(nèi)的msd，然后在繪制一條組合的msd曲線（上一間隔的終點(diǎn)為下一間隔的起點(diǎn)，問題較多，請各位幫忙解答！謝謝

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1樓 2012-11-30 10:28:26

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明月照清渠

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【答案】應(yīng)助回帖

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zhongyunxia: 金幣+5, ★有幫助 2012-12-07 21:18:14
zhongyunxia: 金幣+15, ★★★很有幫助 2013-01-11 09:04:33

還是可信的，用-b和-e選擇起點(diǎn)和終點(diǎn)~

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2012-12-07 10:22:56

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