 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2889 | 回復(fù): 4 | |||
francesscototti至尊木蟲 (職業(yè)作家)
|
[求助]
aoutodock計算中binding energy的問題
|
| 我在模擬一類同系物（不同碳鏈長度）與蛋白作用的時候，選取了每種小分子配體的能量最低構(gòu)象，然后將小分子配體與蛋白的結(jié)合能進行了排序。我的問題是，binding energy的最小差異為多少時，可以認(rèn)為一種化合物（能量較低）比另一種化合物（能量較高）與該蛋白的結(jié)合能力更強？ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 Autodock |
» 猜你喜歡
299求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
0703化學(xué)調(diào)劑，求導(dǎo)師收
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
300求調(diào)劑，材料科學(xué)英一數(shù)二
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料學(xué)碩，求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
307求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
材料專碩331求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
求調(diào)劑一志愿武漢理工大學(xué)材料工程（085601）
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿C9材料與化工專業(yè)總分300求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
307求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 碳鏈長度，降解性
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 關(guān)于binding energy的計算
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 請教碘化鉛中碘 3d5/2 binding energy
已經(jīng)有3人回復(fù)
- binding energy怎么這么大？
已經(jīng)有5人回復(fù)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
francesscototti: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝 2012-12-01 13:53:46
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-12-02 12:29:08
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
francesscototti: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝 2012-12-01 13:53:46
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-12-02 12:29:08
| 這些參數(shù)供參考吧！對于虛擬篩選可能得到陽性化合物，對于哪個針對靶點的親和能力的差異可以通過熒光偏振實驗（FPA），酶聯(lián)免疫吸附（ELSIA）或者等溫滴定量熱（ITC）來測定相應(yīng)的Ki值或者Kd值，然后作出結(jié)論吧。。。。。。。。 |
2樓2012-11-30 17:31:19
lrf1980
新蟲 (小有名氣)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 41 (小學(xué)生)
- 金幣: 1254.2
- 紅花: 3
- 帖子: 136
- 在線: 52.5小時
- 蟲號: 2060967
- 注冊: 2012-10-14
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+2, 在理 2012-12-02 12:29:02
francesscototti: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝 2012-12-03 11:38:04
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+2, 在理 2012-12-02 12:29:02
francesscototti: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝 2012-12-03 11:38:04
| 對于同系物的能量，如果是autodock的計算值的話，不能單純看binding energy吧。在binding energy summary理還有一個旋轉(zhuǎn)所需要的能量，有的時候碳鏈越長這個能量越高。個人認(rèn)為如果這個能夠很高的時候，即便你算出來的能量比較高。但是也很容易得到錯誤判斷，因為很有可能，分子自身沒有足夠的能力克服旋轉(zhuǎn)所需的能量達(dá)到計算所用的構(gòu)象。實驗試驗才是檢驗真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)啊。 |
3樓2012-12-02 11:06:25
francesscototti
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
- 應(yīng)助: 44 (小學(xué)生)
- 金幣: 35547
- 帖子: 3772
- 在線: 182.7小時
- 蟲號: 359688
- 注冊: 2007-04-29
- 專業(yè): 納米醫(yī)學(xué)
4樓2012-12-03 11:42:50
lrf1980
新蟲 (小有名氣)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 41 (小學(xué)生)
- 金幣: 1254.2
- 紅花: 3
- 帖子: 136
- 在線: 52.5小時
- 蟲號: 2060967
- 注冊: 2012-10-14
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
| 如果你都有實驗數(shù)據(jù)了，那我覺得你自己應(yīng)該都可以用實驗數(shù)據(jù)同系物的差值去考察一下autodock計算本身的準(zhǔn)確性，當(dāng)你知道了autodock的準(zhǔn)確性后，你也能夠清楚的知道autodock 結(jié)合能差多少才合理。因為你單純問結(jié)合能差多少是合理的，這個本身意義有限，因為不同的體系和不同的條件下，這個差別合理性的答案應(yīng)該都是不一樣的。對于對接，我覺得應(yīng)該這么來利用結(jié)果。通常實驗數(shù)據(jù)出來后，告訴我們的是一個宏觀的結(jié)果或者效應(yīng)。而理論計算通常都是在經(jīng)過一系列的假設(shè)和簡化條件下，對某個途徑或者機理的近似。如果你的實驗結(jié)果跟計算結(jié)果一致。你能夠比較有把握的結(jié)論應(yīng)該是你在做計算的假設(shè)和簡化基本正確。而不是去追求多大的值差異才是真正的差異。你覺得呢？ |
5樓2012-12-09 17:14:19
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 francesscototti 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 300求調(diào)劑，材料科學(xué)英一數(shù)二 +3 | leaflight 2026-03-24 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +6 | 加一一九 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
[考研] 086003食品工程求調(diào)劑 +4 | 淼淼111 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工328分調(diào)劑 +4 | 。，。，。，。i 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉大化學(xué)322求調(diào)劑 +4 | 17501029541 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 07化學(xué)280分求調(diào)劑 +4 | 722865 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 336化工調(diào)劑 +4 | 王大坦1 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0854電子信息求調(diào)劑 324 +3 | Promise-jyl 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +3 | 濤濤Wjt 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 319求調(diào)劑 +4 | 小力氣珂珂 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +6 | shansx 2026-03-22 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +6 | 曼殊2266 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +6 | www_q 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 294求調(diào)劑材料與化工專碩 +15 | 陌の森林 2026-03-18 | 15/750 |
|
|
|
[考研]
 材料與化工 322求調(diào)劑
+4
|
然11 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
 295復(fù)試調(diào)劑
+8
|
簡木ChuFront 2026-03-19 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿西安交通大學(xué) 學(xué)碩 354求調(diào)劑211或者雙一流 +3 | 我想要讀研究生 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工調(diào)劑 324分 +10 | llllkkkhh 2026-03-18 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 收復(fù)試調(diào)劑生 +4 | 雨后秋荷 2026-03-18 | 4/200 |
|