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francesscototti至尊木蟲 (職業(yè)作家)
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[求助]
aoutodock計算中binding energy的問題
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| 我在模擬一類同系物（不同碳鏈長度）與蛋白作用的時候，選取了每種小分子配體的能量最低構(gòu)象，然后將小分子配體與蛋白的結(jié)合能進(jìn)行了排序。我的問題是，binding energy的最小差異為多少時，可以認(rèn)為一種化合物（能量較低）比另一種化合物（能量較高）與該蛋白的結(jié)合能力更強(qiáng)？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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francesscototti: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝 2012-12-01 13:53:46
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-12-02 12:29:08
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zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-12-02 12:29:08
| 這些參數(shù)供參考吧！對于虛擬篩選可能得到陽性化合物，對于哪個針對靶點的親和能力的差異可以通過熒光偏振實驗（FPA），酶聯(lián)免疫吸附（ELSIA）或者等溫滴定量熱（ITC）來測定相應(yīng)的Ki值或者Kd值，然后作出結(jié)論吧。。。。。。。。 |
2樓2012-11-30 17:31:19
lrf1980
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【答案】應(yīng)助回帖
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| 對于同系物的能量，如果是autodock的計算值的話，不能單純看binding energy吧。在binding energy summary理還有一個旋轉(zhuǎn)所需要的能量，有的時候碳鏈越長這個能量越高。個人認(rèn)為如果這個能夠很高的時候，即便你算出來的能量比較高。但是也很容易得到錯誤判斷，因為很有可能，分子自身沒有足夠的能力克服旋轉(zhuǎn)所需的能量達(dá)到計算所用的構(gòu)象。實驗試驗才是檢驗真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)啊。 |
3樓2012-12-02 11:06:25
francesscototti
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4樓2012-12-03 11:42:50
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| 如果你都有實驗數(shù)據(jù)了，那我覺得你自己應(yīng)該都可以用實驗數(shù)據(jù)同系物的差值去考察一下autodock計算本身的準(zhǔn)確性，當(dāng)你知道了autodock的準(zhǔn)確性后，你也能夠清楚的知道autodock 結(jié)合能差多少才合理。因為你單純問結(jié)合能差多少是合理的，這個本身意義有限，因為不同的體系和不同的條件下，這個差別合理性的答案應(yīng)該都是不一樣的。對于對接，我覺得應(yīng)該這么來利用結(jié)果。通常實驗數(shù)據(jù)出來后，告訴我們的是一個宏觀的結(jié)果或者效應(yīng)。而理論計算通常都是在經(jīng)過一系列的假設(shè)和簡化條件下，對某個途徑或者機(jī)理的近似。如果你的實驗結(jié)果跟計算結(jié)果一致。你能夠比較有把握的結(jié)論應(yīng)該是你在做計算的假設(shè)和簡化基本正確。而不是去追求多大的值差異才是真正的差異。你覺得呢？ |
5樓2012-12-09 17:14:19
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