 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2894 | 回復(fù): 4 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
francesscototti至尊木蟲 (職業(yè)作家)
|
[求助]
aoutodock計(jì)算中binding energy的問題
|
||
| 我在模擬一類同系物（不同碳鏈長度）與蛋白作用的時候，選取了每種小分子配體的能量最低構(gòu)象，然后將小分子配體與蛋白的結(jié)合能進(jìn)行了排序。我的問題是，binding energy的最小差異為多少時，可以認(rèn)為一種化合物（能量較低）比另一種化合物（能量較高）與該蛋白的結(jié)合能力更強(qiáng)？ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 Autodock |
» 猜你喜歡
352分-085602-一志愿985
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
291求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
330分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
309求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
0856求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
0703化學(xué)
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
329求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
0856材料化工調(diào)劑 總分330
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
070300化學(xué)354求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 碳鏈長度，降解性
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 關(guān)于binding energy的計(jì)算
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 請教碘化鉛中碘 3d5/2 binding energy
已經(jīng)有3人回復(fù)
- binding energy怎么這么大？
已經(jīng)有5人回復(fù)
francesscototti
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
- 應(yīng)助: 44 (小學(xué)生)
- 金幣: 35575
- 帖子: 3776
- 在線: 182.7小時
- 蟲號: 359688
- 注冊: 2007-04-29
- 專業(yè): 納米醫(yī)學(xué)
4樓2012-12-03 11:42:50
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
francesscototti: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝 2012-12-01 13:53:46
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-12-02 12:29:08
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
francesscototti: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝 2012-12-01 13:53:46
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-12-02 12:29:08
| 這些參數(shù)供參考吧！對于虛擬篩選可能得到陽性化合物，對于哪個針對靶點(diǎn)的親和能力的差異可以通過熒光偏振實(shí)驗(yàn)（FPA），酶聯(lián)免疫吸附（ELSIA）或者等溫滴定量熱（ITC）來測定相應(yīng)的Ki值或者Kd值，然后作出結(jié)論吧。。。。。。。。 |
2樓2012-11-30 17:31:19
lrf1980
新蟲 (小有名氣)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 41 (小學(xué)生)
- 金幣: 1254.2
- 紅花: 3
- 帖子: 136
- 在線: 52.5小時
- 蟲號: 2060967
- 注冊: 2012-10-14
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+2, 在理 2012-12-02 12:29:02
francesscototti: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝 2012-12-03 11:38:04
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+2, 在理 2012-12-02 12:29:02
francesscototti: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝 2012-12-03 11:38:04
| 對于同系物的能量，如果是autodock的計(jì)算值的話，不能單純看binding energy吧。在binding energy summary理還有一個旋轉(zhuǎn)所需要的能量，有的時候碳鏈越長這個能量越高。個人認(rèn)為如果這個能夠很高的時候，即便你算出來的能量比較高。但是也很容易得到錯誤判斷，因?yàn)楹苡锌赡�，分子自身沒有足夠的能力克服旋轉(zhuǎn)所需的能量達(dá)到計(jì)算所用的構(gòu)象。實(shí)驗(yàn)試驗(yàn)才是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)啊。 |
3樓2012-12-02 11:06:25
lrf1980
新蟲 (小有名氣)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 41 (小學(xué)生)
- 金幣: 1254.2
- 紅花: 3
- 帖子: 136
- 在線: 52.5小時
- 蟲號: 2060967
- 注冊: 2012-10-14
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
| 如果你都有實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)了，那我覺得你自己應(yīng)該都可以用實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)同系物的差值去考察一下autodock計(jì)算本身的準(zhǔn)確性，當(dāng)你知道了autodock的準(zhǔn)確性后，你也能夠清楚的知道autodock 結(jié)合能差多少才合理。因?yàn)槟銌渭儐柦Y(jié)合能差多少是合理的，這個本身意義有限，因?yàn)椴煌捏w系和不同的條件下，這個差別合理性的答案應(yīng)該都是不一樣的。對于對接，我覺得應(yīng)該這么來利用結(jié)果。通常實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)出來后，告訴我們的是一個宏觀的結(jié)果或者效應(yīng)。而理論計(jì)算通常都是在經(jīng)過一系列的假設(shè)和簡化條件下，對某個途徑或者機(jī)理的近似。如果你的實(shí)驗(yàn)結(jié)果跟計(jì)算結(jié)果一致。你能夠比較有把握的結(jié)論應(yīng)該是你在做計(jì)算的假設(shè)和簡化基本正確。而不是去追求多大的值差異才是真正的差異。你覺得呢？ |
5樓2012-12-09 17:14:19
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 352分-085602-一志愿985 +3 | 海納百川Ly 2026-03-29 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 0703 化學(xué) 求調(diào)劑，一志愿山東大學(xué) 342 分 +4 | Shern—- 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
[考研] 一志愿鄭州大學(xué)，080500學(xué)碩，總分317分求調(diào)劑 +5 | 舉個栗子oi 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 11408軟件工程求調(diào)劑 +3 | Qiu學(xué)ing 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 311（085601）求調(diào)劑 +4 | liziyeyeye 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿北化085600材料專碩275|有文章專利｜求調(diào)劑 +7 | Micky11223 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿華理，數(shù)一英一285求A區(qū)調(diào)劑 +8 | AZMK 2026-03-25 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)0703 調(diào)劑 306分 一志愿211 +4 | 26要上岸 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +6 | 蘆lty 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 070300求調(diào)劑306分 +4 | 26要上岸 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿南昌大學(xué)324求調(diào)劑 +7 | hanamiko 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 266分求材料化工冶金礦業(yè)等專業(yè)的調(diào)劑 +4 | 哇呼哼呼哼 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑，一志愿南農(nóng)083200食品科學(xué)與工程 +5 | XQTJZ 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 305求調(diào)劑 +5 | 哇盧卡庫 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[碩博家園] 北京林業(yè)大學(xué)碩導(dǎo)招生廣告 +6 | kongweilin 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 359求調(diào)劑 +4 | 王了個楠 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 351求調(diào)劑 +4 | 麥克阿磊 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿中南大學(xué)化學(xué)學(xué)碩0703總分337求調(diào)劑 +7 | niko- 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 【2026考研調(diào)劑】制藥工程 284分 求相關(guān)專業(yè)調(diào)劑名額 +4 | 袁奐奐 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0854電子信息求調(diào)劑 324 +4 | Promise-jyl 2026-03-23 | 4/200 |
|