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分子對接前，含有配體的復(fù)合蛋白怎么處理？HETATM開頭的元素要刪除嗎
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| 在對接時(shí)，HETATM開頭的分子是不是一定就是配體，需要刪掉嗎；我現(xiàn)在的PDB文件里面有個(gè)MODRES (對標(biāo)準(zhǔn)殘基的修飾)的分子，坐標(biāo)前是HETATM開頭，這個(gè)是當(dāng)配體刪掉，還是對接蛋白的一部分？ |
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- sybyl完成分子對接后，如何將配體和蛋白一起導(dǎo)出為pdb文件？
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4樓2012-12-11 13:36:55
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2樓2012-12-10 19:25:54
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3樓2012-12-10 22:41:15
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【答案】應(yīng)助回帖
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首先要考慮清楚你的pdb文件的來源，大多蛋白結(jié)構(gòu)來自晶體結(jié)晶的衍射，結(jié)晶環(huán)境中的有機(jī)溶劑分子，結(jié)晶水分子，小分子配體等均可能存在于pdb文件中。其次不能一概而論刪除一切蛋白本體結(jié)構(gòu)外的所有分子，比如，原有的配體分子存在的位置和構(gòu)像可能對于同類的分子對接和活性位點(diǎn)特性提供參考，活性殘基周圍的分子如果有氫鍵等作用力存在，建議謹(jǐn)慎考慮是否要刪除。個(gè)人觀點(diǎn)，如有錯誤，請蟲友們指出，歡迎討論 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
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gouyi5樓2012-12-11 14:45:40
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