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[求助]
分子對(duì)接前，含有配體的復(fù)合蛋白怎么處理？HETATM開(kāi)頭的元素要?jiǎng)h除嗎
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| 在對(duì)接時(shí)，HETATM開(kāi)頭的分子是不是一定就是配體，需要?jiǎng)h掉嗎；我現(xiàn)在的PDB文件里面有個(gè)MODRES (對(duì)標(biāo)準(zhǔn)殘基的修飾)的分子，坐標(biāo)前是HETATM開(kāi)頭，這個(gè)是當(dāng)配體刪掉，還是對(duì)接蛋白的一部分？ |
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- sybyl完成分子對(duì)接后，如何將配體和蛋白一起導(dǎo)出為pdb文件？
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送鮮花一朵 
9樓2012-12-12 15:41:48
lrf1980
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gouyi: 金幣+4, ★★★很有幫助, 我主要是想問(wèn)一下，其中有一個(gè)修飾的殘基HETATM開(kāi)頭，要不要?jiǎng)h掉，因?yàn)槲也恢浪降资桥潴w，還是什么 2012-12-10 21:09:45
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-12-11 08:32:03
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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-12-11 08:32:03
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用pymol打開(kāi)文件，輸入下列命令，基本就能夠得到一個(gè)干凈的分子 remove solvent （去除水分子) remove organic （去除配體化合物） |
2樓2012-12-10 19:25:54
lrf1980
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3樓2012-12-10 22:41:15
yaozhq
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4樓2012-12-11 13:36:55
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