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分子對(duì)接前，含有配體的復(fù)合蛋白怎么處理？HETATM開(kāi)頭的元素要?jiǎng)h除嗎
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| 在對(duì)接時(shí)，HETATM開(kāi)頭的分子是不是一定就是配體，需要?jiǎng)h掉嗎；我現(xiàn)在的PDB文件里面有個(gè)MODRES (對(duì)標(biāo)準(zhǔn)殘基的修飾)的分子，坐標(biāo)前是HETATM開(kāi)頭，這個(gè)是當(dāng)配體刪掉，還是對(duì)接蛋白的一部分？ |
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gouyi: 金幣+4, ★★★很有幫助, 我主要是想問(wèn)一下，其中有一個(gè)修飾的殘基HETATM開(kāi)頭，要不要?jiǎng)h掉，因?yàn)槲也恢浪降资桥潴w，還是什么 2012-12-10 21:09:45
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-12-11 08:32:03
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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-12-11 08:32:03
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用pymol打開(kāi)文件，輸入下列命令，基本就能夠得到一個(gè)干凈的分子 remove solvent （去除水分子) remove organic （去除配體化合物） |
2樓2012-12-10 19:25:54
lrf1980
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3樓2012-12-10 22:41:15
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4樓2012-12-11 13:36:55
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首先要考慮清楚你的pdb文件的來(lái)源，大多蛋白結(jié)構(gòu)來(lái)自晶體結(jié)晶的衍射，結(jié)晶環(huán)境中的有機(jī)溶劑分子，結(jié)晶水分子，小分子配體等均可能存在于pdb文件中。其次不能一概而論刪除一切蛋白本體結(jié)構(gòu)外的所有分子，比如，原有的配體分子存在的位置和構(gòu)像可能對(duì)于同類的分子對(duì)接和活性位點(diǎn)特性提供參考，活性殘基周圍的分子如果有氫鍵等作用力存在，建議謹(jǐn)慎考慮是否要?jiǎng)h除。個(gè)人觀點(diǎn)，如有錯(cuò)誤，請(qǐng)蟲(chóng)友們指出，歡迎討論 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
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gouyi5樓2012-12-11 14:45:40
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6樓2012-12-11 15:33:57
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9樓2012-12-12 15:41:48
許你安然然
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您好，請(qǐng)問(wèn)，如果配體是個(gè)短肽，是不是也可以用您說(shuō)的pymol這種方法刪除配體呢？謝謝。 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
10樓2017-03-23 15:56:16
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