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469187892銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
npt 模擬遇到的問題
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在npt模擬中，如果想固定一些氨基酸可以通過freezegrps = protein 設(shè)蛋白凍住 freezedim = Y Y Y，固定嗎？只優(yōu)化DPPC，但這樣做的話 constraints = none 才能運(yùn)行，但會(huì)出現(xiàn)WARNING 1 [file topol.top, line 104]: The bond in molecule-type Protein_chain_B between atoms 1 N and 2 H1 has an estimated oscillational period of 1.0e-02 ps, which is less than 5 times the time step of 2.0e-03 ps. Maybe you forgot to change the constraints mdp option. 如果設(shè) constraints = all-bonds 就會(huì)出現(xiàn)很多l(xiāng)incs warning, 不知道該怎么固定一些氨基酸，請(qǐng)求大家的幫助！  |
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4樓2012-12-12 10:54:53
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
469187892: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝了 2012-12-12 10:16:55
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
469187892: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝了 2012-12-12 10:16:55
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我也遇到過這樣的問題， “The bond in molecule-type Protein_chain_B between atoms 1 N and 2 H1 has an estimated oscillational period of 1.0e-02 ps, which is less than 5 times the time step of 2.0e-03 ps. ” 的問題我在NPT 的時(shí)候，忽略了。 但是 我覺得你“想固定一些氨基酸可以通過freezegrps = protein ” 這樣設(shè)置不太妥，因?yàn)檫@樣把所有的蛋白質(zhì)都設(shè)置成了一疙瘩剛體。 你可以試試只freezegrps 只選擇蛋白質(zhì)中的幾個(gè)重原子，這樣蛋白質(zhì)也不會(huì)動(dòng)，但是其他的原子也能夠很好的與其他分子達(dá)到平衡。 或者你使用position restraint試試。 |
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4691878922樓2012-12-12 08:42:18
469187892
銀蟲 (小有名氣)
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3樓2012-12-12 10:22:21
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