 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (3273)
- >導(dǎo)師招生 (335)
- >考研 (327)
- >蟲(chóng)友互識(shí) (134)
- >文獻(xiàn)求助 (128)
- >基金申請(qǐng) (77)
- >休閑灌水 (73)
- >教師之家 (49)
- >考博 (43)
- >招聘信息布告欄 (40)
- >論文投稿 (40)
- >碩博家園 (34)
- >論文道賀祈福 (27)
- >博后之家 (23)
- >留學(xué)生活 (22)
- >無(wú)機(jī)/物化 (22)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 2718 | 回復(fù): 12 | |||||
souledge專家顧問(wèn) (著名寫(xiě)手)
|
[交流]
【求助】CASTEP做Dynamic時(shí)晶體易變…… 已有4人參與
|
||||
|
本人課題與熱力學(xué)等問(wèn)題聯(lián)系比較多，所以想用CASTEP中的Dynamic來(lái)求得不同晶體的熱力學(xué)數(shù)據(jù)（關(guān)鍵是吉布斯函數(shù)）。 后來(lái)看到了小木蟲(chóng)計(jì)算版期刊第一期中wenhua luo和lei0736的《自由能的分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算》一文，開(kāi)始按照里面的步驟學(xué)習(xí)使用Dynamic來(lái)模擬計(jì)算。 在內(nèi)能模擬時(shí)，先從MS的數(shù)據(jù)庫(kù)中直接導(dǎo)入了Ag，然后擴(kuò)展到8x8x8的結(jié)構(gòu)，再M(fèi)ake P1。然后按照文章中的步驟，選擇NPT系綜，每個(gè)時(shí)間步為2fs，溫度為300K，然后開(kāi)始計(jì)算。結(jié)果總是在進(jìn)行幾個(gè)時(shí)間步后就提示晶體易變，任務(wù)失敗。 為了加快全流程速度，改為設(shè)置了10fs為一個(gè)時(shí)間步，共100時(shí)間步，Thermostat使用Nose，Barostat使用Andersen，并且為固定了質(zhì)心（Fix center of mass）。并且為了增強(qiáng)收斂性，加大了截?cái)嗄�，并且使用�?x8x8的K點(diǎn)設(shè)置。采用LDA超軟贗勢(shì)進(jìn)行計(jì)算，結(jié)果依然有錯(cuò)誤提示： 順便看了一下結(jié)果圖，的確這個(gè)突變有點(diǎn)太那啥了……  由于是工科背景，對(duì)于贗勢(shì)之類的理論比較空白，雖然在惡補(bǔ)，但是暫時(shí)依然杯水車薪。哪位高人可以幫忙指出一下，上面的那些步驟，都有哪些問(wèn)題么…… |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
312求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
化學(xué)工程321分求調(diào)劑
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
280求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
266求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
工科材料085601 279求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
環(huán)境工程調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
302求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
297求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
298-一志愿中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
焦慮
已經(jīng)有10人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- CASTEP對(duì)優(yōu)化后的晶體進(jìn)行分態(tài)密度分析，應(yīng)該怎么操作
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 用特定的面去切割CASTEP建立的晶體
已經(jīng)有5人回復(fù)
- castep計(jì)算的晶體結(jié)構(gòu)，bands無(wú)帶隙而dos里面有，如何認(rèn)定材料？castep遇到導(dǎo)體?
已經(jīng)有9人回復(fù)
- CASTEP建模方法：虛擬晶體近似(VCA)
已經(jīng)有498人回復(fù)
- MS 中的CASTEP可以計(jì)算強(qiáng)關(guān)聯(lián)體系的晶體結(jié)構(gòu)（如VO2)嗎？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】CASTEP 增加壓強(qiáng)是晶體結(jié)構(gòu)變化？如何設(shè)置？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】CASTEP中怎樣構(gòu)建晶體聚合物呢？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】用MS中的castep模塊計(jì)算晶體
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】CASTEP 分子晶體建結(jié)構(gòu)
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】用CASTEP計(jì)算晶體時(shí)結(jié)構(gòu)問(wèn)題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】castep建立晶體結(jié)構(gòu)時(shí)出現(xiàn)孤立的原子是怎么回事
已經(jīng)有3人回復(fù)
zzy870720z
榮譽(yù)版主 (文壇精英)
- 1ST強(qiáng)帖: 3
- 應(yīng)助: 47 (小學(xué)生)
- 貴賓: 9.05
- 金幣: 30914.3
- 散金: 5613
- 紅花: 68
- 沙發(fā): 99
- 帖子: 12592
- 在線: 23567.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 745488
- 注冊(cè): 2009-04-10
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
- 管轄: 分子模擬
4樓2010-04-28 12:37:26
zzy870720z
榮譽(yù)版主 (文壇精英)
- 1ST強(qiáng)帖: 3
- 應(yīng)助: 47 (小學(xué)生)
- 貴賓: 9.05
- 金幣: 30914.3
- 散金: 5613
- 紅花: 68
- 沙發(fā): 99
- 帖子: 12592
- 在線: 23567.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 745488
- 注冊(cè): 2009-04-10
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
- 管轄: 分子模擬
2樓2010-04-28 12:23:31
souledge
專家顧問(wèn) (著名寫(xiě)手)
-
專家經(jīng)驗(yàn): +174 - 1ST強(qiáng)帖: 19
- 應(yīng)助: 303 (大學(xué)生)
- 金幣: 11306.4
- 散金: 1123
- 紅花: 108
- 帖子: 2814
- 在線: 916.1小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 941486
- 注冊(cè): 2010-01-12
- 專業(yè): 結(jié)構(gòu)陶瓷
- 管轄: 第一性原理
|
可是之前的2fs也一樣出這個(gè)問(wèn)題啊，用1fs試試？ 另外，記得增加K點(diǎn)會(huì)提高計(jì)算精度和增加收斂，但是會(huì)造成過(guò)大的計(jì)算負(fù)擔(dān)，可是為什么要減少K點(diǎn)呢？ 現(xiàn)在的最重要問(wèn)題就是總出現(xiàn)晶格易變，無(wú)法繼續(xù)計(jì)算。速度只是為了能夠快點(diǎn)看到是否出現(xiàn)相同問(wèn)題……算是try error了…… 剛剛接觸這個(gè)的新人，還望高人詳細(xì)指點(diǎn)迷津  [ Last edited by souledge on 2010-4-28 at 12:34 ] |
3樓2010-04-28 12:33:17
souledge
專家顧問(wèn) (著名寫(xiě)手)
-
專家經(jīng)驗(yàn): +174 - 1ST強(qiáng)帖: 19
- 應(yīng)助: 303 (大學(xué)生)
- 金幣: 11306.4
- 散金: 1123
- 紅花: 108
- 帖子: 2814
- 在線: 916.1小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 941486
- 注冊(cè): 2010-01-12
- 專業(yè): 結(jié)構(gòu)陶瓷
- 管轄: 第一性原理
5樓2010-04-28 12:54:04
zzy870720z
榮譽(yù)版主 (文壇精英)
- 1ST強(qiáng)帖: 3
- 應(yīng)助: 47 (小學(xué)生)
- 貴賓: 9.05
- 金幣: 30914.3
- 散金: 5613
- 紅花: 68
- 沙發(fā): 99
- 帖子: 12592
- 在線: 23567.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 745488
- 注冊(cè): 2009-04-10
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
- 管轄: 分子模擬
6樓2010-04-28 13:03:58
souledge
專家顧問(wèn) (著名寫(xiě)手)
-
專家經(jīng)驗(yàn): +174 - 1ST強(qiáng)帖: 19
- 應(yīng)助: 303 (大學(xué)生)
- 金幣: 11306.4
- 散金: 1123
- 紅花: 108
- 帖子: 2814
- 在線: 916.1小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 941486
- 注冊(cè): 2010-01-12
- 專業(yè): 結(jié)構(gòu)陶瓷
- 管轄: 第一性原理
 有變化/波動(dòng)到是不在乎，可是問(wèn)題在于，這個(gè)錯(cuò)誤提示：Error in md_vv1_npt_nose - cell inconsistency? Current trace stack: md_vv1_npt_nose md_run castep Error in md_vv1_npt_nose - cell inconsistency? Current trace stack: md_vv1_npt_nose md_run castep MPI Application rank 3 exited before MPI_Finalize() with status 1 這是失敗后的castep文件的末尾顯示的錯(cuò)誤信息……偶就是不明白為什么總會(huì)有這么個(gè)信息…… 至于那兩個(gè)圖，是因?yàn)橥ㄟ^(guò)觀察，有上述錯(cuò)誤信息時(shí)，在Motion和Temp的兩個(gè)圖中，至少有一個(gè)會(huì)發(fā)生劇烈變化……不過(guò)，這個(gè)沒(méi)關(guān)系，可以不care的說(shuō)……重點(diǎn)還是在于為什么MD的計(jì)算會(huì)以cell inconsistency的問(wèn)題失敗…… |
7樓2010-04-28 13:20:44
souledge
專家顧問(wèn) (著名寫(xiě)手)
-
專家經(jīng)驗(yàn): +174 - 1ST強(qiáng)帖: 19
- 應(yīng)助: 303 (大學(xué)生)
- 金幣: 11306.4
- 散金: 1123
- 紅花: 108
- 帖子: 2814
- 在線: 916.1小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 941486
- 注冊(cè): 2010-01-12
- 專業(yè): 結(jié)構(gòu)陶瓷
- 管轄: 第一性原理
咋沒(méi)人回帖了捏…… 8樓2010-04-28 17:17:55
zzy870720z
榮譽(yù)版主 (文壇精英)
- 1ST強(qiáng)帖: 3
- 應(yīng)助: 47 (小學(xué)生)
- 貴賓: 9.05
- 金幣: 30914.3
- 散金: 5613
- 紅花: 68
- 沙發(fā): 99
- 帖子: 12592
- 在線: 23567.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 745488
- 注冊(cè): 2009-04-10
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
- 管轄: 分子模擬
9樓2010-04-28 18:11:51
franch
版主 (著名寫(xiě)手)
- 1ST強(qiáng)帖: 2
- 應(yīng)助: 62 (初中生)
- 貴賓: 0.185
- 金幣: 7766.8
- 散金: 2986
- 紅花: 23
- 沙發(fā): 2
- 帖子: 1964
- 在線: 731.1小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 587928
- 注冊(cè): 2008-08-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
- 管轄: 第一性原理
10樓2011-04-03 19:38:08
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 souledge 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 化學(xué)工程321分求調(diào)劑 +13 | 大米飯！ 2026-03-15 | 16/800 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料工程專碩調(diào)劑 +5 | 204818@lcx 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 【0856】化學(xué)工程（085602）313 分，本科學(xué)科評(píng)估A類院�；瘜W(xué)工程與工藝，誠(chéng)求調(diào)劑 +7 | 小劉快快上岸 2026-03-11 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，總分315，考的生物醫(yī)藥，一志愿湖南師范大學(xué)。調(diào)劑到任何專業(yè)都可以 +4 | 小丁想進(jìn)步 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[考博] 26申博 +4 | 八旬速覽 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿，福州大學(xué)材料專碩339分求調(diào)劑 +3 | 木子momo青爭(zhēng) 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | 文思客 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +6 | 妮妮ninicgb 2026-03-15 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 290分有科研經(jīng)歷，論文在投 +7 | 膩膩gk 2026-03-14 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +6 | 拾光任染 2026-03-15 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 中科大材料與化工319求調(diào)劑 +3 | 孟鑫材料 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 297一志愿上交085600求調(diào)劑 +5 | 指尖八千里 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 招收0805（材料）調(diào)劑 +3 | 18595523086 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703，333分求調(diào)劑 一志愿鄭州大學(xué)-物理化學(xué) +3 | 李魔女斗篷 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +5 | 是Lupa啊 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求材料調(diào)劑 +5 | 隔壁陳先生 2026-03-12 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 工科，求調(diào)劑 +3 | 我887 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 26調(diào)劑/材料科學(xué)與工程/總分295/求收留 +9 | 2026調(diào)劑俠 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工 309分請(qǐng)求調(diào)劑 +7 | dtdxzxx 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考博] 福州大學(xué)楊黃浩課題組招收2026年專業(yè)學(xué)位博士研究生，2026.03.20截止 +3 | Xiangyu_ou 2026-03-12 | 3/150 |
|