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souledge專家顧問 (著名寫手)
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[交流]
【求助】CASTEP做Dynamic時(shí)晶體易變…… 已有4人參與
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本人課題與熱力學(xué)等問題聯(lián)系比較多，所以想用CASTEP中的Dynamic來求得不同晶體的熱力學(xué)數(shù)據(jù)（關(guān)鍵是吉布斯函數(shù)）。 后來看到了小木蟲計(jì)算版期刊第一期中wenhua luo和lei0736的《自由能的分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算》一文，開始按照里面的步驟學(xué)習(xí)使用Dynamic來模擬計(jì)算。 在內(nèi)能模擬時(shí)，先從MS的數(shù)據(jù)庫(kù)中直接導(dǎo)入了Ag，然后擴(kuò)展到8x8x8的結(jié)構(gòu)，再M(fèi)ake P1。然后按照文章中的步驟，選擇NPT系綜，每個(gè)時(shí)間步為2fs，溫度為300K，然后開始計(jì)算。結(jié)果總是在進(jìn)行幾個(gè)時(shí)間步后就提示晶體易變，任務(wù)失敗。 為了加快全流程速度，改為設(shè)置了10fs為一個(gè)時(shí)間步，共100時(shí)間步，Thermostat使用Nose，Barostat使用Andersen，并且為固定了質(zhì)心（Fix center of mass）。并且為了增強(qiáng)收斂性，加大了截?cái)嗄�，并且使用�?x8x8的K點(diǎn)設(shè)置。采用LDA超軟贗勢(shì)進(jìn)行計(jì)算，結(jié)果依然有錯(cuò)誤提示： 順便看了一下結(jié)果圖，的確這個(gè)突變有點(diǎn)太那啥了……  由于是工科背景，對(duì)于贗勢(shì)之類的理論比較空白，雖然在惡補(bǔ)，但是暫時(shí)依然杯水車薪。哪位高人可以幫忙指出一下，上面的那些步驟，都有哪些問題么…… |
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souledge
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 有變化/波動(dòng)到是不在乎，可是問題在于，這個(gè)錯(cuò)誤提示：Error in md_vv1_npt_nose - cell inconsistency? Current trace stack: md_vv1_npt_nose md_run castep Error in md_vv1_npt_nose - cell inconsistency? Current trace stack: md_vv1_npt_nose md_run castep MPI Application rank 3 exited before MPI_Finalize() with status 1 這是失敗后的castep文件的末尾顯示的錯(cuò)誤信息……偶就是不明白為什么總會(huì)有這么個(gè)信息…… 至于那兩個(gè)圖，是因?yàn)橥ㄟ^觀察，有上述錯(cuò)誤信息時(shí)，在Motion和Temp的兩個(gè)圖中，至少有一個(gè)會(huì)發(fā)生劇烈變化……不過，這個(gè)沒關(guān)系，可以不care的說……重點(diǎn)還是在于為什么MD的計(jì)算會(huì)以cell inconsistency的問題失敗…… |
7樓2010-04-28 13:20:44
zzy870720z
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2樓2010-04-28 12:23:31
souledge
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可是之前的2fs也一樣出這個(gè)問題啊，用1fs試試？ 另外，記得增加K點(diǎn)會(huì)提高計(jì)算精度和增加收斂，但是會(huì)造成過大的計(jì)算負(fù)擔(dān)，可是為什么要減少K點(diǎn)呢？ 現(xiàn)在的最重要問題就是總出現(xiàn)晶格易變，無法繼續(xù)計(jì)算。速度只是為了能夠快點(diǎn)看到是否出現(xiàn)相同問題……算是try error了…… 剛剛接觸這個(gè)的新人，還望高人詳細(xì)指點(diǎn)迷津  [ Last edited by souledge on 2010-4-28 at 12:34 ] |
3樓2010-04-28 12:33:17
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4樓2010-04-28 12:37:26
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