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schalke至尊木蟲 (著名寫手)
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[求助]
如何做氨基酸殘基穩(wěn)定過渡態(tài)后的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)優(yōu)化？
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目標(biāo)反應(yīng)為Diels-Alder反應(yīng)。已經(jīng)將未催化狀態(tài)下的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)優(yōu)化完成并進(jìn)行了頻率計(jì)算和IRC路徑驗(yàn)證，結(jié)果正確。 現(xiàn)在想做多種氨基酸殘基通過與底物當(dāng)中的氫鍵供體、受體形成氫鍵來穩(wěn)定過渡態(tài)。(下圖圖例中底物與我的底物不同，但原理相似） 我的做法是在已優(yōu)化后過渡態(tài)中加入Glu殘基后第二次尋找過渡態(tài)，但使用DFT b3lyp/6-31g+(d,p)算一個(gè)星期也找不到，換用hf/3-21g尋找加了maxcyc=999仍出現(xiàn)L9999錯(cuò)誤。 我對(duì)催化殘基不是很懂，請(qǐng)問各位該如何改進(jìn)輸入文件（初始構(gòu)型，分子間距以及體系電荷）？[ Last edited by schalke on 2012-12-12 at 12:32 ] |
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2012-12-12 12:26:47, 5.38 K
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schalke
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2樓2012-12-13 14:35:49
schalke
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3樓2012-12-14 09:10:20
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