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[求助]
有沒有人知道xplor中小分子的psf文件如何生成呢？
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如題，現(xiàn)在手上有小分子的pdb文件，還有通過網(wǎng)站生成的topology和parameter，在xplor里面如何生存psf文件呢，psf文件里面的各項參數(shù)分別是什么意思呢？如： N1 NW -0.260000 14.0067 0 C1 CV -0.700000E-01 12.0110 0 H11 HX 0.350000E-01 1.00800 0 有哪位大俠可以指點一下嗎？ |
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koalabear8655
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月只藍: 金幣+3, 感謝指導！ 2013-11-26 11:25:23
月只藍: 金幣+3, 感謝指導！ 2013-11-26 11:25:23
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http://xray.bmc.uu.se/hicup/xdict.html 用這個server把你的pdb放進去，他會給你email發(fā)５個文件，top和par是參數(shù)文件，inp是xplor輸入文件，pdb也是需要的。out文件可以不管 不要改變文件名，將這４個文件保存下來，然后運行xplor -in inp文件名 就得到psf和優(yōu)化完的pdb。 注意兩點：１，保存時不要改變文件名，因為inp文件里面的輸入?yún)?shù)都是按他的文件名給的，要保持一致性。２，注意小分子的par是正確的。如果在運行xplor時說缺少par參數(shù)，可能就需要你自己手動加到par文件里面了。 |
2樓2013-11-26 10:52:38
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