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muyunlvyi

金蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 光譜分析

[求助] 有沒有人知道xplor中小分子的psf文件如何生成呢？

如題，現(xiàn)在手上有小分子的pdb文件，還有通過網(wǎng)站生成的topology和parameter，在xplor里面如何生存psf文件呢，psf文件里面的各項參數(shù)分別是什么意思呢？如：
N1 NW -0.260000    14.0067          0
  C1 CV -0.700000E-01 12.0110       0
  H11  HX    0.350000E-01 1.00800       0
有哪位大俠可以指點一下嗎？

回復(fù)此樓

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1樓 2012-12-13 21:22:57

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koalabear8655

鐵蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2013-11-26 11:25:23

http://xray.bmc.uu.se/hicup/xdict.html
用這個server把你的pdb放進去，他會給你email發(fā)５個文件，top和par是參數(shù)文件，inp是xplor輸入文件，pdb也是需要的。out文件可以不管
不要改變文件名，將這４個文件保存下來，然后運行xplor -in inp文件名
就得到psf和優(yōu)化完的pdb。

注意兩點：１，保存時不要改變文件名，因為inp文件里面的輸入?yún)?shù)都是按他的文件名給的，要保持一致性。２，注意小分子的par是正確的。如果在運行xplor時說缺少par參數(shù)，可能就需要你自己手動加到par文件里面了。

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