 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2772 | 回復(fù): 6 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
夢里曉詩金蟲 (小有名氣)
|
[求助]
使用antechamber生成resp電荷時報錯
|
||
|
請教各位大神，自學(xué)AMBER很抓狂啊。。。 想得到一個分子的resp電荷信息。之前用gaussian09先生成了*.log文件。輸入文件為 hf/6-31g* SCA=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) 使用AMBER進行轉(zhuǎn)化的時候報錯，輸入命令為 /antechamber -i *.log -fi gout -o *.mol2 -fo mol2 -c resp 出錯信息如下 Info: Bond types are assigned for valence state 1 with penalty of 1 Info: the number of the ESP exceeds the MAXESP(20000),extend the size and reallocate the memory automatically Amber 9 RESP Unit 10 Error on OPEN: ANTECHAMBER.ESP Error: cannot run "resp -O -i ANTECHAMBER_RESP1.IN -o ANTECHAMBER_RESP1.OUT -e ANTECHAMBER.ESP -t qout" in resp() of charge.c properly, exit 另外，很想求助、我的體系有四、五十個原子，請問用resp電荷計算和bcc電荷計算差別有多大呢？因為一直resp電荷一直轉(zhuǎn)化不出來，而bcc電荷可以得到。如果區(qū)別不是很大的話，就直接用bcc電荷算了。。折騰的我快折壽了。。。。 跪求指導(dǎo)。。。。  [ Last edited by 夢里曉詩 on 2012-12-17 at 16:31 ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 amber |
» 猜你喜歡
【求調(diào)劑】新能源材料本科，一志愿211，初試321
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料考研調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
英一數(shù)一408，總分284，二戰(zhàn)真誠求調(diào)劑
已經(jīng)有14人回復(fù)
-
085410 一志愿211 22408分數(shù)359求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
271求調(diào)劑
已經(jīng)有19人回復(fù)
-
385分 生物學(xué)（071000）求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿安徽大學(xué)計算機科學(xué)與技術(shù)學(xué)碩，331分求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
318求調(diào)劑，計算材料方向
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
291求調(diào)劑
已經(jīng)有25人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- AMBER使用antechamber 準備配體小分子出問題，求指導(dǎo)方法，謝謝
已經(jīng)有9人回復(fù)
- Amber tools 中的antechamber 必須要在安裝了amber11的前體下才能使用么?
已經(jīng)有4人回復(fù)
3樓2012-12-17 21:47:06
caixin5120 
木蟲 (正式寫手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 46 (小學(xué)生)
- 金幣: 5.9
- 散金: 100
- 紅花: 3
- 帖子: 483
- 在線: 158.3小時
- 蟲號: 576460
- 注冊: 2008-06-20
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
夢里曉詩: 金幣+1, 謝謝啊，但是我的體系是中性的，而且沒有重原子，都是C、H、O、N 2012-12-17 16:58:03
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
夢里曉詩: 金幣+1, 謝謝啊，但是我的體系是中性的，而且沒有重原子，都是C、H、O、N 2012-12-17 16:58:03
| 可以參考一下這篇帖子 http://www.bioms.org/thread-125-1-2.html |
2樓2012-12-17 16:51:46
4樓2012-12-17 21:50:05
wangyan10
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 36 (小學(xué)生)
- 金幣: 8264.5
- 散金: 65
- 紅花: 4
- 帖子: 369
- 在線: 255小時
- 蟲號: 1089510
- 注冊: 2010-09-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
夢里曉詩: 金幣+5, ★★★很有幫助, 多謝��！ 2012-12-20 10:32:39
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
夢里曉詩: 金幣+5, ★★★很有幫助, 多謝��！ 2012-12-20 10:32:39
|
這種情況我以前也類似的遇到過。剛開始接觸ANTECHAMBER的時候，不太清楚這個東西到底是啥，所以出錯了也就是一頭的霧水。期間用GAUSSIAN做過一些結(jié)構(gòu)優(yōu)化的計算。發(fā)現(xiàn)個問題，AMBER自帶的量化計算模塊的可操作性真的是很差很差。舉個例子吧，如果你的體系是帶有一個負電荷的，用AMBER自帶的量化計算模塊來進行小分子力場的構(gòu)建，一般是會出錯的，指定電荷和自旋多重度的方法我也試過，可是總不能得到好結(jié)果。建議在時間允許的情況下，采用GAUSSIAN來計算小分子的相關(guān)參數(shù)信息。有問題的話可以參考本論壇上一篇文章，就是講這種方法的。做的工作還少，以上言論只代表個人意見，說的不對的地方還請見諒！ http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985 |
5樓2012-12-18 09:22:50
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 282求調(diào)劑 +17 | ycy1201 2026-04-01 | 19/950 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 070300化學(xué)279求調(diào)劑 +15 | 哈哈哈^_^ 2026-03-31 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 材料科學(xué)與工程339求調(diào)劑 +11 | hyz0119 2026-03-31 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +8 | Lyy930824@ 2026-03-29 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 26考研調(diào)劑 +3 | Wnz.20030617 2026-04-01 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 總分343，求生物學(xué)調(diào)劑 +6 | 深刻的凱撒 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)327，求調(diào)劑 +4 | 書上的梅子 2026-04-01 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +3 | 迷蒙木木 2026-04-01 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求0861交通運輸專碩or材料專碩調(diào)劑 +4 | 勒布朗@ 2026-03-31 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，一志愿北林食品與營養(yǎng)095500，301分，已過六級，有科研經(jīng)歷 +4 | 快樂儲蓄罐 2026-03-31 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 349求調(diào)劑 +6 | zwjjjjjj 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 293分求調(diào)劑，外語為俄語 +5 | 加一一九 2026-03-31 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿中海洋320化學(xué)工程與技術(shù)學(xué)碩求調(diào)劑 +8 | 披星河 2026-03-30 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 本科211總分289，08工學(xué)真心求調(diào)劑 +3 | utopiaE 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 304材料求調(diào)劑
+5
|
鐘llll 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703 化學(xué) 求調(diào)劑，一志愿山東大學(xué) 342 分 +7 | Shern—- 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑 +4 | 邱gl 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +3 | 種圣賜 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 312，生物學(xué)求調(diào)劑 +3 | 小譯同學(xué)abc 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0856調(diào)劑 +5 | 求求讓我有書讀?/a> 2026-03-26 | 6/300 |
|