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夢(mèng)里曉詩(shī)金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
使用antechamber生成resp電荷時(shí)報(bào)錯(cuò)
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請(qǐng)教各位大神，自學(xué)AMBER很抓狂啊。。。 想得到一個(gè)分子的resp電荷信息。之前用gaussian09先生成了*.log文件。輸入文件為 hf/6-31g* SCA=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) 使用AMBER進(jìn)行轉(zhuǎn)化的時(shí)候報(bào)錯(cuò)，輸入命令為 /antechamber -i *.log -fi gout -o *.mol2 -fo mol2 -c resp 出錯(cuò)信息如下 Info: Bond types are assigned for valence state 1 with penalty of 1 Info: the number of the ESP exceeds the MAXESP(20000),extend the size and reallocate the memory automatically Amber 9 RESP Unit 10 Error on OPEN: ANTECHAMBER.ESP Error: cannot run "resp -O -i ANTECHAMBER_RESP1.IN -o ANTECHAMBER_RESP1.OUT -e ANTECHAMBER.ESP -t qout" in resp() of charge.c properly, exit 另外，很想求助、我的體系有四、五十個(gè)原子，請(qǐng)問(wèn)用resp電荷計(jì)算和bcc電荷計(jì)算差別有多大呢？因?yàn)橐恢眗esp電荷一直轉(zhuǎn)化不出來(lái)，而bcc電荷可以得到。如果區(qū)別不是很大的話，就直接用bcc電荷算了。。折騰的我快折壽了。。。。 跪求指導(dǎo)。。。。  [ Last edited by 夢(mèng)里曉詩(shī) on 2012-12-17 at 16:31 ] |
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 amber |
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- Amber tools 中的antechamber 必須要在安裝了amber11的前體下才能使用么?
已經(jīng)有4人回復(fù)
ina_bo
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4樓2012-12-17 21:50:05
caixin5120 
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夢(mèng)里曉詩(shī): 金幣+1, 謝謝啊，但是我的體系是中性的，而且沒(méi)有重原子，都是C、H、O、N 2012-12-17 16:58:03
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夢(mèng)里曉詩(shī): 金幣+1, 謝謝啊，但是我的體系是中性的，而且沒(méi)有重原子，都是C、H、O、N 2012-12-17 16:58:03
| 可以參考一下這篇帖子 http://www.bioms.org/thread-125-1-2.html |
2樓2012-12-17 16:51:46
ina_bo
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wangyan10
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夢(mèng)里曉詩(shī): 金幣+5, ★★★很有幫助, 多謝��！ 2012-12-20 10:32:39
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夢(mèng)里曉詩(shī): 金幣+5, ★★★很有幫助, 多謝��！ 2012-12-20 10:32:39
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這種情況我以前也類似的遇到過(guò)。剛開(kāi)始接觸ANTECHAMBER的時(shí)候，不太清楚這個(gè)東西到底是啥，所以出錯(cuò)了也就是一頭的霧水。期間用GAUSSIAN做過(guò)一些結(jié)構(gòu)優(yōu)化的計(jì)算。發(fā)現(xiàn)個(gè)問(wèn)題，AMBER自帶的量化計(jì)算模塊的可操作性真的是很差很差。舉個(gè)例子吧，如果你的體系是帶有一個(gè)負(fù)電荷的，用AMBER自帶的量化計(jì)算模塊來(lái)進(jìn)行小分子力場(chǎng)的構(gòu)建，一般是會(huì)出錯(cuò)的，指定電荷和自旋多重度的方法我也試過(guò)，可是總不能得到好結(jié)果。建議在時(shí)間允許的情況下，采用GAUSSIAN來(lái)計(jì)算小分子的相關(guān)參數(shù)信息。有問(wèn)題的話可以參考本論壇上一篇文章，就是講這種方法的。做的工作還少，以上言論只代表個(gè)人意見(jiàn)，說(shuō)的不對(duì)的地方還請(qǐng)見(jiàn)諒！ http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985 |
5樓2012-12-18 09:22:50
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