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北木新蟲 (小有名氣)
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[求助]
gromacs 模擬云母遇到的問題
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我建的模型基底上用的云母里面有Al和K，我用的是ffG43a2力場。生成top文件時，我在力場文件里寫上了Al的參數(shù)，但是K的不知道該怎么辦？ 我把K去掉生成的top文件，把K單獨寫了itp文件，不知道這樣會有什么影響？ 這樣做了，又有另外的問題了，跑動力學(xué)時出現(xiàn)Al的原子類型不能識別。。。怎么辦呢？ 求指點。。。。謝謝啦！ 10.jpg 100.jpg |
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北木
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2樓2012-12-25 14:57:11
3樓2012-12-25 16:54:06
北木
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4樓2012-12-26 08:38:22
【答案】應(yīng)助回帖
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“可能是我寫的Al的原子類型不對，但是應(yīng)該寫成什么，我不知道。。。” you may need to read the manual about "itp files " very carefully, and then you will know how to ? here is a example of a al2o3 nanopore I made long long ago, you can write yourowns. best wishes! [moleculetype] ; molname nrexcl al2o3Nanopore 1 [atoms] ; id type resnr residu atom cgnr charge mass 1 OAL 1 ALO O8 1 -1.05 15.9994 2 OAL 1 ALO O9 2 -1.05 15.9994 3 OAL 1 ALO O10 3 -1.05 15.9994 4 AL 1 ALO AL7 4 1.601296 26.9815 5 OAL 1 ALO O2 5 -1.05 15.9994 6 OAL 1 ALO O13 6 -1.05 15.9994 7 OAL 1 ALO O14 7 -1.05 15.9994 8 OAL 1 ALO O15 8 -1.05 15.9994 9 AL 1 ALO AL7 9 1.601296 26.9815 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 20052 AL 1 ALO AL7 20052 1.601296 26.9815 20053 AL 1 ALO AL8 20053 1.601296 26.9815 20054 AL 1 ALO AL9 20054 1.601296 26.9815 20055 AL 1 ALO AL10 20055 1.601296 26.9815 20056 OAL 1 ALO O1 20056 -1.05 15.9994 20057 OAL 1 ALO O2 20057 -1.05 15.9994 20058 OAL 1 ALO O3 20058 -1.05 15.9994 20059 AL 1 ALO AL1 20059 1.601296 26.9815 20060 AL 1 ALO AL2 20060 1.601296 26.9815 20061 AL 1 ALO AL3 20061 1.601296 26.9815 20062 AL 1 ALO AL4 20062 1.601296 26.9815 20063 AL 1 ALO AL5 20063 1.601296 26.9815 20064 AL 1 ALO AL6 20064 1.601296 26.9815 [bonds] ; i j funct length force.c. 1 4 1 0.186 512.1 1 1807 1 0.197 512.1 2 9 1 0.186 512.1 2 1807 1 0.197 512.1 3 1807 1 0.197 512.1 4 1791 1 0.197 512.1 4 1792 1 0.197 512.1 5 13 1 0.186 512.1 5 1815 1 0.197 512.1 6 9 1 0.186 512.1 6 1845 1 0.197 512.1 7 22 1 0.186 512.1 7 1845 1 0.197 512.1 8 1845 1 0.197 512.1 9 12 1 0.186 512.1 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 20045 20054 1 0.197 512.1 20045 20055 1 0.197 512.1 20049 20057 1 0.186 512.1 20050 20058 1 0.186 512.1 20051 20056 1 0.186 512.1 20056 20059 1 0.197 512.1 20056 20060 1 0.197 512.1 20057 20064 1 0.197 512.1 20058 20062 1 0.186 512.1 [angles] ; i j k funct angle force.c. |
5樓2012-12-26 21:17:05
北木
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7樓2017-09-20 04:47:07
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