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張?bào)阌?/font>金蟲 (小有名氣)
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[求助]
Gromacs處理二氧化硅為基底的體系
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| 我用gromacs模擬有機(jī)分子在二氧化硅(100)表面的吸附作用，但是怎么寫二氧化硅基底的pdb文件和top文件呢，PRODRG2無法生成gromacs能讀取的pdb，謝謝。 |
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張?bào)阌?/font>
金蟲 (小有名氣)
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- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
2樓2012-06-08 05:49:37
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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張?bào)阌? 金幣+25, ★有幫助 2012-06-09 15:50:39
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張?bào)阌? 金幣+25, ★有幫助 2012-06-09 15:50:39
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二氧化硅的PDB文件，可以通過VMD生成，還可以做成你自己想要的任何形狀。VMD生成的PDB文件gromacs可以直接讀取的，這個(gè)我自己就用過。 top文件可以自己寫個(gè)腳本程序生成，VMD能夠生成二氧化硅氧原子和硅原子之間的鍵，角，二面角等信息，根據(jù)力場參數(shù)，你就能實(shí)現(xiàn)把這些信息寫成gromacs所讀取的 itp 文件。 思路如此，詳情自慮 |
3樓2012-06-08 08:14:35
4樓2012-06-08 18:54:11
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