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Gromacs處理二氧化硅為基底的體系
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| 我用gromacs模擬有機分子在二氧化硅(100)表面的吸附作用，但是怎么寫二氧化硅基底的pdb文件和top文件呢，PRODRG2無法生成gromacs能讀取的pdb，謝謝。 |
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2樓2012-06-08 05:49:37
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-06-08 08:18:50
張筱宇: 金幣+25, ★有幫助 2012-06-09 15:50:39
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張筱宇: 金幣+25, ★有幫助 2012-06-09 15:50:39
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二氧化硅的PDB文件，可以通過VMD生成，還可以做成你自己想要的任何形狀。VMD生成的PDB文件gromacs可以直接讀取的，這個我自己就用過。 top文件可以自己寫個腳本程序生成，VMD能夠生成二氧化硅氧原子和硅原子之間的鍵，角，二面角等信息，根據(jù)力場參數(shù)，你就能實現(xiàn)把這些信息寫成gromacs所讀取的 itp 文件。 思路如此，詳情自慮 |
3樓2012-06-08 08:14:35
4樓2012-06-08 18:54:11
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