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cengjingmm新蟲 (初入文壇)
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[求助]
脂多糖和蛋白分子的對接用什么軟件好做？
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剛剛接觸分子對接的小白求教兩個問題： 1，在做蛋白+多糖的對接體系的時候，用的是autodock，運行到autodock的時候出錯，要修改MAX_RECORDS，應該是可扭轉鍵太多了。因為這個脂多糖比較大，有五條相對自由度比較高的烴鏈。請問這種情況下，是不是不能用普通的小分子對接到蛋白上面的方法去做？什么軟件可以做呢？ 2，如果我有兩個蛋白A和B，分別都可以跟C（多糖）結合，有沒有辦法可以做這三個結合在一起的構象？就是C+A+B的？ps:A。B可能共享C的結合位置，這點還不是很清楚。 非常感謝 |
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7樓2012-12-31 15:13:44
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