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cengjingmm新蟲 (初入文壇)
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[求助]
脂多糖和蛋白分子的對接用什么軟件好做?
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剛剛接觸分子對接的小白求教兩個(gè)問題: 1,在做蛋白+多糖的對接體系的時(shí)候,用的是autodock,運(yùn)行到autodock的時(shí)候出錯(cuò),要修改MAX_RECORDS,應(yīng)該是可扭轉(zhuǎn)鍵太多了。因?yàn)檫@個(gè)脂多糖比較大,有五條相對自由度比較高的烴鏈。請問這種情況下,是不是不能用普通的小分子對接到蛋白上面的方法去做?什么軟件可以做呢? 2,如果我有兩個(gè)蛋白A和B,分別都可以跟C(多糖)結(jié)合,有沒有辦法可以做這三個(gè)結(jié)合在一起的構(gòu)象?就是C+A+B的?ps:A。B可能共享C的結(jié)合位置,這點(diǎn)還不是很清楚。 非常感謝 |

新蟲 (初入文壇)

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