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鄧芳木蟲(chóng) (小有名氣)
木蟲(chóng)
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[求助]
autodock什么時(shí)候存在pi-pi interations？
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請(qǐng)問(wèn)高手：autodock什么時(shí)候存在pi-pi interations？做了很多組對(duì)接沒(méi)發(fā)現(xiàn)有這種相互作用的，這種相互作用有什么作用？能說(shuō)明哪些問(wèn)題？謝謝 |
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 Autodock |
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lrf1980
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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2013-01-08 22:15:13
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2013-01-08 22:15:13
| 我建議你們?nèi)タ纯串?dāng)初開(kāi)發(fā)軟件時(shí)發(fā)的文章。所有的相互作用什么的都會(huì)在文章的affinity energy計(jì)算公式里面體現(xiàn)。因?yàn)槲乙矝](méi)有深入的了解這部分，對(duì)于pi-pi作用，只是我?guī)讉�(gè)體系是有的，所以我比較清楚。對(duì)于pi-sigma，不了解，pi-cation我的理解是共軛體系跟離子之間的一種相互作用。這個(gè)在配位化學(xué)里面也常有。 |
5樓2013-01-08 21:04:43
lrf1980
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
鄧芳: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-01-08 17:35:56
zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2013-01-08 22:14:57
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zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2013-01-08 22:14:57
| 首先看看你的口袋周圍是否有苯環(huán)殘基，如果沒(méi)有，是不可能出現(xiàn)pi-pi的。另外就是你的配體是不是有苯環(huán)或者更大的共軛體系。當(dāng)兩者都有的情況下，空間構(gòu)象匹配就會(huì)出現(xiàn)pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量還是蠻大的。所以如果體系有pi-pi相互作用，應(yīng)該你的affinity energy相對(duì)會(huì)比較低。至于這種相互作用到底能說(shuō)明什么問(wèn)題，這個(gè)就仁者見(jiàn)仁，智者見(jiàn)智了。 |
2樓2013-01-08 15:58:10
hellenwu74
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3樓2013-01-08 16:21:33
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4樓2013-01-08 17:36:16
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